皖南事变后，中共中央立即发布在盐城重建新四军军部的命令，全军整编为7个师。整个苏南的新四军部队[BuDui]改编为6师，谭震林任师长兼政委，下辖16旅(茅山地区[DiQu]部队[BuDui])和18旅(东路[DongLu]地区[DiQu]部队[BuDui])。根据华东分局和新四军军部指示，谭震林坚持“一手抓武装斗争，一手抓政权建设”，迅速着手筹建东路[DongLu]地区[DiQu]各级抗日民主政权，并决定沙洲[ShaZhou]单独建县。1941年1月底，谭震林第一次来到沙洲[ShaZhou]，详细听取工作汇报，全面部署建县工作，并在徐家埭召开沙洲[ShaZhou]县抗日民主政府成立筹备会议。2月2日，沙洲[ShaZhou]县抗日民主政府在锦丰曹家仓房举行成立大会。随后，后塍、沿江等7个区也相继成立了抗日民主政权。

　　谭震林对沙洲[ShaZhou]的武装建设也非常重视。1941年2月，他在改编东路[DongLu]地区[DiQu]部队[BuDui]时，以沙洲[ShaZhou]江防支队为基干，对我党领导的沙洲[ShaZhou]抗日武装进行统一整编，组建警卫一团，任命杨知方任团长，老红军曹德辉任政委，包厚昌任政治部主任，由6师师部直接领导。警卫一团在战斗中不断成长，成为苏南地区[DiQu]一支重要的武装力量。

　　1941年夏，日伪调集两万兵力，对东路[DongLu]地区[DiQu]发动残酷“清乡”。江阴、常熟两地的数千日伪军，从西南、东南两面同时进击沙洲[ShaZhou]，形势空前严峻。为了保卫沙洲[ShaZhou]抗日游击根据地，谭震林命何克希率江南保安司令部警卫连和警卫一团进入沙洲[ShaZhou]，抗击敌人。随后，他又令18旅教导大队驰援。两支队伍并肩作战，主动出击，粉碎了敌人于7月份占领控制沙洲[ShaZhou]，彻底截断这条大江南北重要战略通道，进而围歼东路[DongLu]地区[DiQu]新四军的企图。

　　8月中旬，东路[DongLu]地区[DiQu]“清乡”斗争进入最为艰苦的阶段。由于日伪军和“忠义救国军”的联合进攻，我军牺牲较大，局面严重恶化。根据新四军军部“6师师部和18旅北渡长江，6师其他部队[BuDui]仍坚持苏南反‘清乡’斗争”的指示，谭震林率6师师部和18旅主力北撤。谭震林指挥部队[BuDui]一路苦战，击破日伪军的封锁、包围和“忠义救国军”的阻击，进入沙洲[ShaZhou]并作短暂休整。部队[BuDui]在从沙洲[ShaZhou]向澄西转进途中，行动计划被叛徒告密，遇到日伪军和“忠义救国军”的轮番追击和堵截，发生多次激战，予敌重大杀伤，还击毙了“忠义救国军”指挥官梅明章。由于谭震林指挥有方，部队[BuDui]于8月下旬杀出重围，渡江北上到达苏中根据地。

　　谭震林一撤回苏中，便决定在沙洲[ShaZhou]建立反“清乡”桥头堡，然后逐步向南推进，恢复澄锡虞地区[DiQu]。9月上旬，根据6师师部的指示，大批撤至苏中的苏南干部秘密南下，充实中共沙洲[ShaZhou]县委和各区领导力量。同时，包厚昌也率部进入沙洲[ShaZhou]，策应在苏南坚持战斗的6师其他部队[BuDui]。随后，谭震林又令18旅政委温玉成等率警卫一团一部挺进沙洲[ShaZhou]，与包厚昌部会合，帮助沙洲[ShaZhou]县委坚持反“清乡”斗争。