1927年7月，国民革命[GeMing]军从广州兵分两路，出师北伐。朱克靖所在的第三[DiSan]军，是东路军的左翼，部队[BuDui]从猎德挥师，沿北江进发，第一仗攻下乐昌，随即翻越南岭，进入湖南境内。当时，西路军已从衡阳、株洲过境，兵临长沙，第三[DiSan]军随后而行，没有多少战事，很顺利地到达醴陵，准备从这里进攻江西。

　　经过休整，第三[DiSan]军向江西进发，一鼓作气攻下萍乡。9月间，第三[DiSan]军与东路军各支部队[BuDui]会合，对南昌[NanChang]取包围之势。由于蒋介石[JiangJieShi]指挥上的错误，他的嫡系部队[BuDui]第一军第一师被孙传芳部击溃，影响了围攻南昌[NanChang]的战斗，第三[DiSan]军移赣西北驻防待命。10月初，北伐军重新组织攻城，第三[DiSan]军负责夺取南昌[NanChang]郊外的牛行车站，激战三昼夜，伤亡惨重。朱培德在强敌面前，一筹莫展，只得撤回兵力。当时，有些旧军官以为是溃败，竟临阵逃脱，引起了部队[BuDui]极大混乱。朱培德见状不妙，赶紧骑着高头大马前往弹压，也收不住阵脚。危急关头，朱克靖率领一批政工人员赶到了前沿阵地，一面组织后续部队[BuDui]抵挡敌军的反攻，一面整顿撤下来的部队[BuDui]继续投入战斗，终于避免了一场不堪设想的损失。事后，朱培德很感激地夸奖朱克靖及他领导的政工人员说：“别看我手下这些军官都已身经百战了，可是真刀真枪拼起来，倒不如你带领的那班青年学生。”不久，北伐军先后收复了武汉[WuHan]、南昌[NanChang]、上海和南京，整个长江中下游流域呈现出一派生机勃勃的革命[GeMing]景象。这年11月22日至12月16日，共产国际执委会第七次扩大会议在莫斯科召开，会议把中国问题列为中心议题之一。朱克靖由于正在前线督师，没有与会，但仍被选举为共产国际执行委员会委员。

　　帝国主义者看到北洋军阀失败，便开始寻找新的代理人，扶植蒋介石[JiangJieShi]篡夺北伐战争的胜利果实。围绕着广东国民政府迁都之争，形成了宁汉对峙的局面。江西处于中间地带，武汉[WuHan]革命[GeMing]政府和蒋介石[JiangJieShi]双方都在竭力争取，而驻守江西的第三[DiSan]军军长朱培德则举棋不定。在此情况下，朱克靖广泛开展统一战线工作，推动朱培德与武汉[WuHan]革命[GeMing]政府的合作。

　　1927年3月6日，蒋介石[JiangJieShi]指使爪牙暗杀了江西省总工会副委员长陈赞贤，隔了10天，又派兵解散了拥护孙中山三大政策的国民党[GuoMinDang]南昌[NanChang]市党部和江西省学联，封闭了国民党[GuoMinDang]左派的《贯彻日报》；紧接着捣毁了九江市党部和市总工会。为了把蒋介石[JiangJieShi]的势力从江西驱逐出去，制止时局逆转，3月29日，朱克靖从武汉[WuHan]邀来国民革命[GeMing]军代理政治部主任郭沫若，到江西争取朱培德反蒋。经朱克靖、郭沫若的说服，朱培德明确表示倾向武汉[WuHan]革命[GeMing]政府，从而制止了蒋介石[JiangJieShi]向西发展的野心。武汉[WuHan]革命[GeMing]政府的力量，随即从两湖发展到江西。接着，武汉[WuHan]革命[GeMing]政府于4月4日任命朱培德为江西省政府主席，朱克靖为省政府秘书长。朱克靖代表省政府出席朱德任南昌[NanChang]市公安局长的就职仪式。

　　不久，蒋介石[JiangJieShi]制造四一二反革命[GeMing]政变，公开背叛革命[GeMing]，并调兵遣将，准备进攻江西，进而夺取武汉[WuHan]。蒋介石[JiangJieShi]为了拉拢朱培德，对其许以高官厚禄。朱培德见利忘义，在蒋介石[JiangJieShi]软硬兼施的诱迫下，公开倒向南京政府。6月5日，朱培德撕下了假左派的面具，玩弄起“礼送共产党人出境”的鬼把戏，把第三[DiSan]军的政治工作人员赶出江西。朱克靖也受到排挤。一天，朱培德特意邀朱克靖聊天，酒过三巡，便以“私交”劝朱克靖“脱离武汉[WuHan]政府”,“投靠蒋总司令”。朱克靖勃然站起，正色说道：“我不投降，你反水要考虑后果！”朱培德只得无奈地双手拱了一拱，半天才说出了一句“后会有期”的话来。

　　许多共产党员在撤离江西时，遭到亲蒋分子的杀害，朱克靖知道朱培德心怀叵测，为防万一，他派人将妻子肖仲之经九江送往武汉[WuHan]，然后自己化装成一个货郎，绕道湖南去武汉[WuHan]，向党中央汇报江西的情况。后来，他对人忆及这段经历时说：“我离开江西，经铜鼓进入湖南。路上，我买了一担皮箩，装成做生意的，回到醴陵东乡温泉的姐姐家。然后，又化装成炭客子，从东乡乘炭船到武汉[WuHan]。”经长沙时，已是“马日事变”之后，湘江两岸有许多荷枪实弹的军警。朱克靖乘坐的船没敢停靠，鼓起风帆，顺流而下，闯过了检查关。

　　7月15日，汪精卫控制下的武汉[WuHan]国民党[GuoMinDang]中央，也公开背叛了孙中山所制定的国共合作政策和反帝反封建纲领，与蒋介石[JiangJieShi]合流，对共产党员和革命[GeMing]群众进行大屠杀。轰轰烈烈的大革命[GeMing]，受到了严重的挫折。为力挽狂澜，中共中央决定了武装反抗国民党[GuoMinDang]反动派的方针，在南昌[NanChang]举行武装起义，并且秘密派熟知情况的朱克靖回南昌[NanChang]，策动第三[DiSan]军旧部参加起义。朱克靖到南昌[NanChang]后先找到了朱德，在第三[DiSan]军军官教导团和南昌[NanChang]市公安局内部埋下了革命[GeMing]的火种。

　　8月1日，在周恩来、贺龙、叶挺、朱德的领导下，国民革命[GeMing]军第十一军第二十四师、第四军第二十五师和第二十军所部3万余人，举行了震撼全国的“南昌[NanChang]起义”。起义胜利后，部队[BuDui]编为3个军。朱克靖被任命为第九军党代表。不久，起义部队[BuDui]撤离南昌[NanChang]，沿闽赣边南下。10月，在广东潮汕地区被国民党[GuoMinDang]重兵包围，损失惨重。朱克靖突出重围，与党组织失去了联系，孑身一人，开始了10年颠沛流离的生活。