吕公望去广西时属于不辞而别，回浙江[ZheJiang]时最初也受到军内标统周承炎、教官吴思豫等人的冷遇。但后来他有幸遇到了新军八十一标代标统朱瑞，朱瑞也是光复[GuangFu]会会员，对吕公望的情况非常了解，所以就邀请他到家中交谈。朱瑞告诉他军中有几位光复[GuangFu]会的同志请加强联络，并要他尽快将浙江[ZheJiang]的光复[GuangFu]会组织恢复起来，这正中他心中之意。随后，他秘密联络了军内外一批光复[GuangFu]会的会员，重新整合了浙江[ZheJiang]光复[GuangFu]会组织，同时恢复了光复[GuangFu]会的活动。为了便于开展活动，他还在紫阳山下面租了间房子，用于开会和会员间联络。经吕公望等人的争取，新军八十一标和八十二标全部都被争取过来了，这为日后杭州[HangZhou]的光复[GuangFu]积聚了力量。同时，他还和镇海炮台长虞廷等人用反间计，写匿名信列举了有可能担任清军扩编统制一职的杨善德“十大罪状”到处散发，杨善德因此被迫引退，此举挫败了清军扩编计划，使浙江[ZheJiang]新军部分领导权仍掌握在革命[GeMing]党人手中。

　　1911年10月10日“武昌起义”成功的消息传到杭州[HangZhou]、上海、南京后，浙江[ZheJiang]光复[GuangFu]会的组织及时与上海等地的光复[GuangFu]会组织进行联系。10月12日，上海革命[GeMing]党派来了庄之盘、姚勇忱等人与浙江[ZheJiang]的朱瑞、吕公望、顾乃斌等革命[GeMing]党人联系，秘商光复[GuangFu]杭州[HangZhou]事宜。这期间，吕公望为商讨起义方案、做好起义前的准备和上下之间联络做了大量的工作。11月3日，上海光复[GuangFu]的消息传到杭州[HangZhou]，人们为之欢欣鼓舞。11月4日晚，杭州[HangZhou]各起义部队按计划做好了准备。深夜12时，由革命[GeMing]党人王金发、尹维峻等率领的1500名上海敢死队员赶到杭州[HangZhou]，与朱瑞等浙江[ZheJiang]新军将士打响了光复[GuangFu]杭州[HangZhou]的战斗。年仅17岁的女敢死队长尹维峻跃马横枪，首先向浙江[ZheJiang]抚署衙门扔出一颗手拉炸弹，然后率领敢死队员冲进抚署衙门内堂，衙内清兵全都当了俘虏，浙江[ZheJiang]巡抚被敢死队员从马房里抓获。经过起义军在全城与清兵数小时的战斗，天亮时杭州[HangZhou]即告光复[GuangFu]。杭州[HangZhou]光复[GuangFu]后，浙江[ZheJiang]各府、州、县也纷纷举行起义，浙江[ZheJiang]全境在一个月内也实现了光复[GuangFu]。

　　率军攻打南京

　　同年11月7日，在浙江[ZheJiang]省第四次临时参议会上，议长陶焕卿提议由吕公望出任浙江[ZheJiang]省参议长，却被吕公望谢绝了。他认为南京仍在清军手中，这一军事重镇如不尽快攻克，浙江[ZheJiang]难以安稳，所以建议江浙沪三地起义军联手，出兵光复[GuangFu]南京。这一重要建议立即成为浙江[ZheJiang]临时参议会的决议，并请吕公望起草出兵南京的动员计划和作出攻宁之军事部署。经浙江[ZheJiang]省都督汤寿潜任命，朱瑞为浙军攻宁支队支队长，吕公望为参谋长。11月12日，他率领浙军攻宁支队先头部队向南京方向进军，他们先攻下镇江，随后增添兵马粮草，准备攻打南京。南京外围有很多炮台，要夺取南京先要攻克这些要塞的炮台。吕公望采纳了同盟会会员官成鲲策反炮台的建议，通过对炮台官兵晓之以理的教育，由他们做内应，11月21日晚浙军智取了乌龙山、幕府山炮台。11月22日、23日，吕公望命令浙军利用智取的炮台向南京城内打炮，引清兵出城打仗。11月25日早晨，他命令敢死队杀进紫金山，其他兵马进入阵地作战。到下午4时，浙军已攻下5个山头，杀死清兵1000多人，俘获数百人，清兵统领王有宏被当场击毙。此后，吕公望于11月30日凌晨，又指挥敢死队攻下了南京城的最大堡垒天堡城，并用缴获大炮向南京城内的清兵指挥所、都督府、旗营轰炸，使清兵无心守城，四处逃窜。12月2日，吕公望率军进入南京。在江浙沪联军的共同奋战下，南京全城胜利光复[GuangFu]。

　　1912年后，吕公望历任浙军第十一协协统、浙军第六师师长、嘉湖镇守使。先后参加护国战争和北伐。新中国成立后，曾任中国人民救灾总会杭州[HangZhou]分会副主席、浙江[ZheJiang]省人大代表和政协委员。1954因病在杭州[HangZhou]家中逝世，终年76岁。时任国家副主席的宋庆龄感念他与孙中山之间的密切关系，特地送来300元人民币作为治丧费用，以示对他的哀悼和对其家人的慰问。