美国[MeiGuo]海军部对中美合[ZhongMeiHe]作所的运作给予了充分肯定。1945年9月13日，美国[MeiGuo]海军在一次官方新闻发布会上，首次披露了一个“保守得最好的军事秘密”，即中美合[ZhongMeiHe]作所，称它在美国[MeiGuo]太平洋舰队彻底打击日军占领的岛屿、日本海军及整个日本过程中作出了巨大的贡献。

　　与渣滓洞混为一谈

　　不过，因为中美合[ZhongMeiHe]作所的中方负责人是在国民党内外名声都不大好的军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任、反共分子梅乐斯又不顾美国[MeiGuo]当局禁令竭力介入中国[ZhongGuo]国共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员、警察和特工获得的美式武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了反共内战中，因此，该所便有了一个“扶蒋反共”的恶名，遭到了来自中美两国一些人士的强烈批评。

　　美国[MeiGuo]陆军一直批评只服从战略情报[QingBao]局和海军部的梅乐斯违抗命令且无法胜任工作，指责其一再违背和抵抗美国[MeiGuo]政府不破坏国共关系的要求。

　　一些美国[MeiGuo]历史学家更是指责中美合[ZhongMeiHe]作所，完全是一个从偏激的意识形态和狭隘的美国[MeiGuo]利益出发，干涉别国内政的危险先例，别无可取之处。

　　比如历史学专家迈克尔沙勒博士在《美国[MeiGuo]十字军在中国[ZhongGuo]》一书中评价中美合[ZhongMeiHe]作所：“这个小组的活动，大大地把中国[ZhongGuo]推向内战的道路，使美国[MeiGuo]直接卷入了中国[ZhongGuo]的国内斗争。在战时中国[ZhongGuo]政治和军事极不稳定的情况下，带政治色彩的中美合[ZhongMeiHe]作所人员，在影响中国[ZhongGuo]两个派系的当前政策和未来前途方面，起了关键性的作用。”

　　当年曾以美国[MeiGuo]战略情报[QingBao]局雇员身份在重庆与梅乐斯共过事的美国[MeiGuo]著名汉学家费正清亦评论说：“中美合[ZhongMeiHe]作所的弊端在于，当1945年国共内战爆发时，它把美援全部用在了国民党一边。这就在客观上意味着美国[MeiGuo]‘过早地’正式加入了反对中共的活动。这为中国[ZhongGuo]共产党所深恶痛绝，并完全有正当理由把它看作是美国[MeiGuo]帝国主义的不义行为。”

　　而由于意识形态的对立，在中美合[ZhongMeiHe]作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，便被新政权算到了它的账上。

　　1949年国民党溃逃重庆之际，在重庆秘密杀害了杨虎城将军、江竹筠、李青林、许晓轩、许建业等革命烈士，并在11月27日对关押在渣滓洞、白公馆等地的革命志士进行了集体大屠杀，200多位革命志士倒在了胜利的黎明之前。

　　1950年1月，重庆市召开追悼大会，追悼殉难烈士们。在纪念大会期间发了一本《如此中美特种技术合作所》会刊，副标题是：蒋美特务重庆大屠杀之血录。会刊的第一篇文章是《中美合[ZhongMeiHe]作所真面目》，它称：“中美合[ZhongMeiHe]作所……就是美国[MeiGuo]特务指挥国民党特务如何监视、拘禁和屠杀中国[ZhongGuo]人民的训练所和司令台。中美合[ZhongMeiHe]作所内的两座集中营—渣滓洞和白公馆，就是蒋匪囚禁中国[ZhongGuo]人民的最大牢狱。中美合[ZhongMeiHe]作所的本身，就是一个举世罕见、骇人听闻的人间魔窟。”

　　“把中美合[ZhongMeiHe]作所与军统渣滓洞、白公馆监狱和大屠杀联系在一起，在当时有一些客观原因。”厉华说，其中一个重要的原因就是戴笠既是军统局的局长，又是中美合[ZhongMeiHe]作所的中方主任，所以两个单位被连在一起。按照当时对历史问题的认识，研究所受的时间、史料限制，再加上殉难于渣滓洞、白公馆的烈士戴的手铐、脚镣，为中美合[ZhongMeiHe]作所撤销时给军统局的移交物，上面有USA字样和中美合[ZhongMeiHe]作所的编号，故将两个单位混为一谈。

　　随后，在文艺为政治服务的要求下，小说《红岩》及电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》等文艺作品，更是渲染了中美合[ZhongMeiHe]作所对中共党员和进步人士的迫害。中美合[ZhongMeiHe]作所在这些文艺作品中成了一个血腥恐怖的法西斯集中营。厉华称，中美合[ZhongMeiHe]作所作为反面形象的知名度，曾一度大大超过了同样在重庆而有着更重大历史意义的革命纪念地红岩村。