面对国际军事法庭的敦促，面对全国人民和共产党方面的责难，国民党[GuoMinDang]方面完全弃之不顾。1946年年底，为了藏匿冈村的行踪，国民党[GuoMinDang]当局把他从南京萨家湾原日军总部大院迁居到鼓楼以西金银街四号——一座非常隐蔽的别墅。冈村宁次在这里一住就是一年多。当然，他并没有闲着。俗话说“拿人手短，吃人嘴短”，受了国民党[GuoMinDang]如此大的恩惠，他更应当努力地工作。隐居期间，冈村宁次著述颇丰，它们是《毛泽东的兵法及对付办法》、《围点打援是共军的作战特点》、《从敌对立场看中国[ZhongGuo]军队》、《以集中兵力对集中兵力歼灭共军》等等一系列协助国民党[GuoMinDang]与共产党作战的文章。同时，国民党[GuoMinDang]军事当局每策划一次新的作战计划，其作战厅总会有人来造访冈村宁次，拐弯抹角地向他打探一下关于战事的看法，甚至后来冈村宁次被内定“无罪释放”临回国之前，负责死守大上海[ShangHai]的汤恩伯还去追问他对长江防御的“高见”。

　　此时的冈村宁次已经是年过六十的老人，当他的同伙们已经一一受到惩罚的时候，他却在积极参与着中国[ZhongGuo]的内战。其原因，就是他对中国[ZhongGuo]有着丰富的侵略经验。这些经验让国民党[GuoMinDang]军官们对冈村宁次产生了迷信，以为凭借冈村宁次一席点拨，可以扭转国共战场上的颓势。冈村宁次自己曾写道：“我自少佐时代经常来中国[ZhongGuo]，相当通晓中国[ZhongGuo]内情，又屡与中国[ZhongGuo]军队交战，对其缺点也有充分了解，既受（国民党[GuoMinDang]）嘱托，又愿为改善中国[ZhongGuo]军队略申己见，故直言不讳……”

　　1948年3月，远东国际军事法庭派人来到南京政府国防部，声称要把冈村宁次带走，因为整个日本[RiBen]战犯的审理工作即将结束，再不送人过去，国际军事法庭都要解散了。国民党[GuoMinDang]在左右为难中作出这样的决定：对外称冈村宁次因肺病被监视居住，待病好送回国。然后出具了冈村的病历证明，把来人打发回东京。6月，国民党[GuoMinDang]当局以“冈村并未参加日本[RiBen]侵华的中央系统组织，其行为仅与在中国[ZhongGuo]战场上发生的事实有关，因此不须送往东京处理”为由，决定在中国[ZhongGuo]国内审判[ShenPan]冈村宁次。7月7日上午，冈村接到国防部军事法庭的传票，要他于12日到上海[ShangHai]市商会礼堂接受中国[ZhongGuo]政府的审判[ShenPan]。冈村宁次再次变得惶恐不安。

　　8月9日，负责审判[ShenPan]冈村宁次的石美瑜庭长向国防部提出“冈村宁次应扣押于战犯监狱，于该处就医”的申请，终获得批准，冈村宁次才被送进上海[ShangHai]高境庙战犯监狱。也就是说，抗战胜利结束已整整三年了，冈村宁次才真正成为中国[ZhongGuo]政府的囚犯。

　　冈村宁次被送回监狱后，典狱长孙介君前来监室“慰问”，点拨道：“先生前在塘沽协定时和在停战投降[TouJiang]时，均未采取对中国[ZhongGuo]不利的措施，中国[ZhongGuo]有识之士均甚嘉许。蒋总统本无意使先生受审。但绝不会处以极刑。至于无期也好，十年也好，结果都一样，请安心受审。”并点拨他“在受审时，对中国[ZhongGuo]民众所受灾难，要以表示痛心为宜”。冈村宁次心领神会，表示理解国民党[GuoMinDang]政府的苦衷。

　　审判[ShenPan]还在进行中，庭长石美瑜突然接到南京政府的来电，说冈村宁次案子暂缓判决。这个案子就这样莫名其妙地拖了下去。期间，汤恩伯面见蒋介石[JiangJieShi]，力陈冈村宁次在停战时有功，应对其判无罪，蒋大致同意。原本，蒋介石[JiangJieShi]对无罪释放冈村宁次还是存有一些顾虑的，国民党[GuoMinDang]内部对此也颇多争议，但经过汤恩伯的一番劝说，蒋介石[JiangJieShi]终于下了放冈村宁次一马的决心。在这件事上，我们很难判断蒋介石[JiangJieShi]是头脑发热还是太重感情。

　　1949年1月26日，军事法庭在搁置六个月后，对冈村宁次的案子进行最后一次公审。因事前石美瑜已接到由蒋介石[JiangJieShi]署名的电令：“据淞沪警备司令汤恩伯呈请，将冈村宁次宣判无罪，应予照准。”石美瑜不敢违抗，所以开庭前就写好了判决书，审判[ShenPan]只是走个形式。

　　对冈村宁次的判决书如下：

　　“被告冈村宁次无罪。理由为：本案被告于民国33年11月26日接任中国[ZhongGuo]派遣军总司令官。所有长沙、徐州各会战中日军之暴行，以及酒井隆在港粤，松井石根、谷寿夫等在南京的大屠杀事件等，均系被告就任以前发生之事，与被告无涉……近日本[RiBen]政府正式宣告投降[TouJiang]，该被告乃息戈就范，率百万大军听命纳降……综上论述，被告既无触犯战规或其他违反国际公法之行为。应予谕知无罪，以期平允。”

　　审判[ShenPan]结束后，全国上下群情激愤，有的民间武术团体甚至声称要“手刃战犯冈村”。1月28日，中共中央通过新华社发表声明，向南京方面提出强烈抗议，谴责对冈村宁次的判决，要求重新逮捕他，并以此作为与南京方面进行和平谈判的一项先决条件。中共中央的声明在当时引起了很大的反响，得到了国内舆论的广泛赞同。但是此时蒋介石[JiangJieShi]已宣布下野，代总统李宗仁为争取和谈，下令重新逮捕冈村宁次，但淞沪警备司令汤恩伯却将命令扣压不发。就在新华社广播这项声明的同一天，汤恩伯当晚即派副官来到冈村宁次在上海[ShangHai]临时借住的寓所内，通知他于次日晨6时30分之前到战犯监狱集合，与狱中其他在押的日本[RiBen]人同乘美国轮船回国。就这样，战争罪犯冈村宁次在中国[ZhongGuo]人民愤怒的声讨中，踏上了驶向日本[RiBen]的轮船维克斯号。

　　回国以后，冈村宁次于1955年担任了日本[RiBen]旧军人组织“战友联盟”副会长，后改任“乡友联盟”会长、名誉会长，从事复活军国主义的活动。1966年死于东京。