周恩来在领导特科工作中，摸索出一套屡创战绩的秘密工作方法。如他明确了情报与保卫二者之间的关系，使中央特科的情报科与特务科(行动队)既有不同侧重，又密切配合；秘密工作中，他强调组织要隐蔽、精干、少而精、单线联系；在活动中尽量职业化、社会化，以公开身份掩护，“利用合法掩护非法，合法与非法巧妙结合”，“秘密工作和公开工作绝对分开”等等，这些方法为党的隐蔽战线和情报保卫工作奠定了正确的思路。

　　特科最主要的获取情报的工作方法，是在敌人内部发展情报关系的两种类型，即直指敌人要害的“打进去”和“拉出来”。

　　所谓“打进去”，即选派干练人员打进敌重要部门，获取核心秘密。在是否派人打入敌特机构问题上，中央特委曾产生过不同意见，担心这会帮助了敌人，但周恩来坚决指示：“你们把它拿过来！”在他的指导下，后被他誉为“龙潭三杰”的钱壮飞、李克农、胡底打入国民党中统核心机构，使党掌握了国民党特务情报最高指挥机关的一举一动。在获取的大量重要情报中，最有价值的是及时侦获了掌握党的核心机密的顾顺章叛变的绝密情报。周恩来获悉情报后，立即采取一系列紧急措施，避免了这次后果不堪设想的毁灭性破坏。

　　所谓“拉出来”，即设法将敌方重要部门人员争取过来，为我党提供秘密情报。周恩来强调，建立强有力的反间谍关系，要广为选择，大胆使用，各尽其才，在工作中考验。他研究并批准特科在国民党专业反共领导机关——“中央”组织部调查科中，拉出了第一个重要的反间谍关系——国民党驻沪特派员杨登瀛(鲍君甫)。杨利用其特殊地位和同各方面的关系，多次提供了国民党特务行动部署和隐藏在中共内部的叛徒、奸细情报，帮助被捕的任弼时、关向应等同志获释，对保卫党中央、清理内奸、打击敌特发挥了重要作用，成为党的情报侦察工作历史上争取、运用秘密反间力量的一个最早的成功典范。

　　除有效地保卫了党中央，李克农小组还获取了蒋介石将对革命根据地发动第一、第二次“围剿”的命令、兵力部署、具体时间等绝密战略情报，周恩来设法将其通报根据地，为红军指挥部制订正确的战略决策和作战部署、取得反“围剿”胜利作出了特殊贡献。

　　特三科的正式名称是行动科，由顾顺章担任科长。不过，这个科却以“红队”而著称。红队，即“红色恐怖队”之简称。在特科内部，红队又称为“打狗队”。顾名思义，这个科的一个主要职能就是镇压叛徒，震慑敌人。

　　当时，对中国共产党秘密组织威胁最大的莫过于党内的叛徒。面临大革命失败后严酷的白色恐怖，党内不少意志不坚定者和投机分子纷纷退党，一时之间退党声明或反共启事充斥各大报纸的版面。这类人如果只是脱党，对党组织并无多大危害，那不过是大浪淘沙，反而使党组织更加纯洁；但严重的是，其中一些人还进而叛变投敌，出卖组织，不惜用昔日同志的头颅作为自己在国民党的晋身之阶。中国共产党的许多早期著名的领导人就是因叛徒告密而被捕牺牲的。

　　通常，由情报科提供关于叛徒的情报，处决叛徒则由“红队”执行。

　　红队是一支精锐的小型武装部队。红队的成员主要来自过去工人纠察队的骨干，他们参加过上海工人武装起义，还有些来自北伐军，都有过战斗的经历，其中有不少人是神枪手或爆破的能手。除了惩治叛徒，红队还要与特一科配合，秘密警戒中央的重要会议。

　　一旦被选拔为红队成员，首先就是要熟悉各种枪支的使用方法。为了练就百发百中的枪法，红队的成员们常常坐船出海，到吴淞口外的海面练习打靶。

　　在1929年下半年，红队的力量发展到顶点，拥有的40多名行动队员，每人都是神枪手，都会驾驶汽车。他们的装备除了各种型号的手枪，还有化学手榴弹。这种手榴弹可以使人流泪睁不开眼，使用时戴一种特制的眼镜则不受影响。每次行动之后，如遇追击，扔出这种手榴弹可以阻滞敌人。此外，红队还可以从外面调动武器，甚至调来机枪。因为当时特科的情报科在国民党军队驻浦东的炮兵营中建立了联系。必要时，特科的总务科也可以随时直接从外国洋行购买枪支。

　　周恩来领导特科期间，贯彻始终的指导思想是深入敌人的党、政、军、警、宪、特机关，探取情报、肃清内奸，有效地粉碎敌人的破坏阴谋，保卫党中央的安全。根据这一指导思想，周恩来制定了严格的原则与纪律，牢牢地把握着政治方向，避免特科走上单纯恐怖活动的歧路。他曾反复强调：不许乱打叛徒；不准打公开的特务；不准搞绑票。这是三条基本原则。周恩来曾多次制止并严厉批评特科具体负责人顾顺章背离党的长远利益和秘密工作原则，追求表面轰轰烈烈，热衷于单纯恐怖行动的倾向，使特科在隐蔽斗争中有了明确的政治方向。但是，在周恩来1931年底离开中央到苏区工作后，特科后期工作逐渐偏离既定原则，放弃了反间这一重要任务，从1933年至1934年连续7次在公开场合惩治国民党特务，3次盲目制裁所谓内奸。由于一再暴露在敌人面前，又不能有效地防御敌人的破坏，两批“红队”(即惩办罪大恶极的叛徒的红色恐怖队)同志被捕牺牲，组织遭受严重破坏。这是王明“左”倾冒险主义在情报保卫工作中的表现，也从反面证明了周恩来为特科制定的指导思想、原则的正确。

　　特四科为交通科，科长是李强。这个科最初的职责是负责秘密的交通联络，以及护送党的领导人进入苏区。从1928年起，特四科主要负责建立和管理秘密无线电台，沟通中共中央与共产国际以及和各个苏区之间的通讯联络。后来这个科改为无线电通讯科。

　　特科的出现，标志着中共中央政治保卫机构的正式建立。