1990年代中期，这些超大型“国企”的员工领袖，为抵抗私有化政策[ZhengCe]展开串连，提出公用事业应该维持政府管制、不该沦入私人垄断的看法，这种“反财团、反垄断、反官商勾结”的诉求，也获得部分舆论支持，国民党工会[GongHui]干部却进退失据。电信、石油、电力等企业的工会[GongHui]纷纷成为自主派，最后，多数“国有”的银行员工会[GongHui]也形成全岛性的联合会。

　　然而，自主工会[GongHui]增加并不代表维权“上访”争议消失，事实上，官方处理的劳动争议仍持续增加，全球化更导致严重的中壮年工人失业潮。虽然劳工[LaoGong]行政机构逐渐趋向依法行政、保护劳工[LaoGong]的立场，基层工人组织工会[GongHui]时仍然受到资方压制。恶性关厂与资本外移的冲击，更成为私营制造业工会[GongHui]的恶梦。

　　后民主化与全球化转型期

　　2000年3月的“总统”大选导致政党轮替，是年5月1日，“全国产业总工会[GongHui]”在陈水扁的承诺下成立（当时陈水扁与宋楚瑜都签下竞选承诺，只有连战未同意），这个政策[ZhengCe]，突破了旧工会[GongHui]法中总工会[GongHui]垄断一切的法令框架。至此，多数工会[GongHui]已经全面自主化，告别了国民党干部与工会[GongHui]干部不分的状态，在政治上，也与不同的党派结盟，与美国或欧洲类似，工会[GongHui]与资方在立法院形成彼此利益冲突的游说团体。

　　台湾[TaiWan]民主化之后，总工会[GongHui]系统的组织发展，或多或少与政治上的蓝绿分化有关。“全国产业总工会[GongHui]”包括了多数的自主工会[GongHui]，基层组织与抗争经验较丰富，与民进党关系较深，渐渐占据主导地位。另一方面，国民党在丧失行政资源的情况下，所属的工会[GongHui]分裂成7个工会[GongHui]组织，最具实力的“全国总工会[GongHui]”也面临转型，从过去压制反国民党活动，变成积极反对民进党政府的工会[GongHui]。

　　整体来说，台湾[TaiWan]的工会[GongHui]体系，逐渐走向制度化、多元化与政治结盟重整的阶段。对此，评价并不一致，有人认为这是新政府分化工会[GongHui]的阴谋，也有人认为是政治自由的必然趋势。但可以确定的是，大工会[GongHui]取代了劳工[LaoGong]维权NGO的地位。台湾[TaiWan]的社保体系，也有朝向日本或德国式“劳资政”三方协商的发展趋势，只不过在全球化冲击下，工会[GongHui]更为弱势。

　　对台湾[TaiWan]的工会[GongHui]组织来说，全球化的冲击来自三个方面。首先，台湾[TaiWan]第二产业的就业人口，自1980年代以来从五成掉到三成，产业外迁到大陆与东南亚是主要原因。第二，本地就业结构中的底层，被全球移民劳工[LaoGong]取代。第三，台湾[TaiWan]当局在金融全球化的压力下，政策[ZhengCe]倒向大财团与私有化，也会打击工会[GongHui]组织。

　　陈水扁执政下的劳工[LaoGong]政策[ZhengCe]

　　在执政之后，民进党政府的意识形态左右摇摆，导致与自主工会[GongHui]领袖在维权时期的战略合作关系有所动摇。例如2001年在全球经济不景气冲击下，工会[GongHui]所推动的社会民主与劳工[LaoGong]福利的政策[ZhengCe]方向，被行政院经济建设委员会推翻，使陈水扁政府遭到外界严厉质疑。

　　此外，2000年到2004年间，在工会[GongHui]组织与NGO的持续压力下，民进党陈菊担任“劳委会”主委任内，推动了两周八四工时法案（原劳动法为一周四八工时），两性工作平等法、失业保险与劳工[LaoGong]退休金立法等，对健全社保制度不无贡献。但是引进外籍劳工[LaoGong]政策[ZhengCe]却成为民进党政府贪腐的温床。

　　台湾[TaiWan]当局为了调控国际劳工[LaoGong]输入，将管理外劳的责任赋予少数特许的中介业者，形成中间剥削。在高雄市捷运（地铁）工程中，前“总统府”副秘书长陈哲男涉及收受中介的华盘公司贿络，使该公司获得政府特许的利益，华盘公司则从外籍工人身上扣款，宿舍与伙食条件极差。2005年8月，来自泰国与印度尼西亚等外籍劳工[LaoGong]对长期的剥削忍无可忍，千余人对宿舍纵火发动抗争，最后与警方谈判和平落幕。

　　高雄捷运外劳弊案揭露了民进党政府的政商关系阴暗面，使得谢长廷内阁多名成员下台，也令连任的陈水扁形象受到重创。

　　为了提振2008年的选情，苏贞昌内阁在今年提出调涨基本工资方案，预估可能令基层员工调薪5%-11%，企图讨好工会[GongHui]、缓和民怨，但却引来工商业界的抵制。各方在劳工[LaoGong]政策[ZhengCe]上拉锯，结果仍难预料。