在中央[ZhongYang]苏区，张闻天在经济[JingJi]、政治、文化教育的方针[FangZhen]政策方面，在关于统一战线、关于粉碎第五次“围剿”的战略、策略和对于福建事变和十九路军的方针[FangZhen]等方面，同“左”倾中央[ZhongYang]主要领导[LingDao]发生了尖锐的分歧和争论，并逐步同毛泽东[MaoZeDong]走到一起。中央[ZhongYang]红军长征出发前，张闻天在《红色中华》报上发表署名社论——《一切为了保卫苏维埃》。这篇社论实际上否定了“左”倾军事路线进攻中的冒险主义、防御中的保守主义、退却中的逃跑主义，提出并阐明了灵活运用各种斗争方式，尤其是退却、缩短战线、转移地区的方式，保存有生力量争取胜利的观点。这篇社论被称为宣告进行长征的“战略社论”。

　　在中央[ZhongYang]红军长征出发时，张闻天同毛泽东[MaoZeDong]、王稼祥走在一起，组成反对李德、博古错误领导[LingDao]的“中央[ZhongYang]队三人团”，“给遵义会议[HuiYi]的伟大胜利放下了物质基础”(张闻天语)。

　　在长征途中，张闻天同毛泽东[MaoZeDong]、王稼祥一起同李德、博古的错误军事指挥进行了争论。在红军战略行动方针[FangZhen]问题上，李德、博古坚持原议，认为只有到达湘西同红二、六军团会合才能放下行李打仗、消灭敌人。中央[ZhongYang]红军到达湘西通道地区时，张闻天了解战局变化后，即与毛泽东[MaoZeDong]商量，提出转向贵州进军、建立川黔边根据地的建议。到达黎平以后，张闻天与毛泽东[MaoZeDong]在政治局会议[HuiYi]上就战略方针[FangZhen]问题同李德、博古进行了激烈争论，实现了通道会议[HuiYi]提出的“转兵”任务，并决定到遵义地区后开会总结第五次反“围剿”以来军事指挥上的经验教训。在黄平橘林同王稼祥谈话时，张闻天又提议由毛泽东[MaoZeDong]担任军事指挥。

　　在遵义会议[HuiYi]上，在博古作报告、周恩来作副报告后，张闻天首先站出来作反报告——反对中央[ZhongYang]领导[LingDao]单纯军事防御路线的报告。他预先按照“中央[ZhongYang]队三人团”讨论的意见（主要是毛泽东[MaoZeDong]的观点）起草了一份“提纲”。张闻天的反报告旗帜鲜明而又全面系统地批评了第五次反“围剿”和西征途中的错误军事领导[LingDao]，为遵义会议[HuiYi]彻底否定单纯防御军事路线定下了基调。

　　1935年1月17日遵义会议[HuiYi]结束时决定推选毛泽东[MaoZeDong]为常委，指定张闻天起草决议。1935年2月5日晚，在云贵川三省交界的鸡鸣三省地域云南省威信县水田寨附近的小村庄花房子，中央[ZhongYang]常委讨论分工，决定由张闻天取代博古，担任中共中央[ZhongYang]总书记，在党内负总的责任。

　　张闻天临危受命，担任总书记后，立即担负起完成历史转折的重任。他在毛泽东[MaoZeDong]等的支持下，团结中央[ZhongYang]政治局和中央[ZhongYang]军委，在前往扎西途中，一路行军，一路开会，及时贯彻遵义会议[HuiYi]精神，作出一系列重要决定，完成了遵义会议[HuiYi]预定的任务，为全党全军实行集中统一领导[LingDao]确立了基本的组织保证。

　　二占遵义以后，张闻天提议毛泽东[MaoZeDong]担任前敌总指挥。以后，张闻天又采纳毛泽东[MaoZeDong]的意见，组成周、毛、王新“三人团”(又称“三人军事领导[LingDao]小组”)指挥军事，使毛泽东[MaoZeDong]成为实际上的中央[ZhongYang]红军军事统帅。中央[ZhongYang]红军在毛泽东[MaoZeDong]指挥下，经过三渡、四渡赤水，抢渡金沙江等战斗的胜利，跳出了敌人的包围圈。5月上旬，张闻天又主持会理会议[HuiYi]，肯定毛泽东[MaoZeDong]的运动战方针[FangZhen]，赞扬新“三人团”指挥有方，克服离心倾向，使毛泽东[MaoZeDong]的军事领导[LingDao]地位进一步得到巩固，毛泽东[MaoZeDong]的运动战思想为大家接受。