在王凤起被秘密逮捕的当夜，远征[YuanZheng]军副总参谋长刘云翰代表陈诚前去看他，这样对他说：“你们青年将校团的事情，陈长官[ChangGuan]根本不知情，也根本就不知道你们暗中有这样一个组织。”他看了看点头不已的王凤起，开始交底：“陈长官[ChangGuan]待你不薄，看你是个人才，也是一个汉子，因此，将你要到身边委以重任，快速擢升。为人要讲良心，你要对得起陈长官[ChangGuan]。”王凤起斩钉截铁地表示：“请参谋长转告陈长官[ChangGuan]放心，我们的事与陈长官[ChangGuan]没有丝毫关系，我们自己做的事情会自己担承。”11月初，王凤起由戴笠派来的高级特务张振国押解，乘专机由昆明抵达重庆。当晚8时许，戴笠携副手毛人凤、司法科长毛忠信提审王凤起。谈话持续了5个多小时，戴笠明确地朝陈诚身上引，但王凤起一口咬定自己就是青年将校团的头，一切与陈长官[ChangGuan]无关。

　　“清君侧”密谋，陈诚是知道内情的。表面来看，正是因为戴笠的告发，陈诚被迫辞运远征[YuanZheng]军司令[SiLing]长官[ChangGuan]一职。但蒋介石[JiangJieShi]是否会以此让陈诚交出远征[YuanZheng]军指挥权吗？这批“政变”分子的中坚只是一些参谋幕僚人员，并不是带兵的指挥官，并且是想维护领袖的威望，出发点并不错；另一方面仅仅是戴笠的一面之词，陈诚究竟牵扯得有多深，蒋介石[JiangJieShi]心中并无底。而更为重要的是陈诚和戴笠的矛盾由来已久，国民党高层派系之间的互相争斗的局面，正是蒋介石[JiangJieShi]所希望的。

　　陈诚是国民党集团中首屈一指的人物，数十年来在蒋介石[JiangJieShi]手下大红大紫，无人能出其右。蒋介石[JiangJieShi]是猜忌戒备之心很重的人，但对陈诚却是例外，陈诚始终被蒋介石[JiangJieShi]摆在各个时期重大事件的中心加以培植，当时舆论都盛传陈诚将成为蒋介石[JiangJieShi]身后最有优势的接班人。

　　陈诚的走红必然引其他实力人物的忌恨。从抗战开始到1943年，蒋介石[JiangJieShi]手下基本形成了陈诚、胡宗南、汤恩伯三大军事实力派系。陈诚早年得志，除了对蒋介石[JiangJieShi]绝对忠诚外，对其他实力派人物均采取排斥的态度。他一向看不起胡宗南，认为胡没有什么真才实学，只不过是靠运气，把军队摆在反共第一线而见重于老头子；认为汤恩伯专门和奸商勾结，以抢运物资为名，设卡走私，军纪废弛，民怨沸腾；对何应钦、白崇禧等也一向采取不合作的态度。至于戴笠靠盯梢窃听、攻讦诬陷等手段邀功请赏的做法，陈诚更是不屑一顾，他在自己的军队中建立起了特务系统，目的就是防范军统的渗透打入。

　　戴笠恨得咬牙切齿，认为陈诚是自己向上攀升的最大障碍，与反陈的胡、汤结成联盟。胡宗南是处处以黄埔领袖自居，以蒋介石[JiangJieShi]的嫡系传人自诩，汤恩伯则想利用胡、戴黄埔集团的支持扩张自己的势力，他们都想利用戴笠的特殊地位除掉陈诚。而戴笠也要利用胡、汤的力量达到自己的目的。胡、汤、戴3人虽然各有打算，但为了对付共同的政敌陈诚，结成了政治同盟。他们在政治上互相通气，工作上相互援手，生活上打成一片。戴笠占据“内廷”的有利地位，随时注意把国民党政府高层内部的情报向汤、胡通报。为了加强通讯的保密性，戴笠规定军统机要室，他和胡、汤之间的电讯联络必须使用几套密本，什么事情用什么密本，都有严格的规定。胡、汤为了报答戴笠的支持，也极力支持军统的工作，但凡军统在西北、中原地区有什么要求和活动，胡、汤都倾全力解决。

　　就在1943年秋时，戴笠出席在河南临汝县风穴寺举行的中美特种训练班的开学典礼，与胡宗南、汤恩伯见了面，具体内容可能就有“清君侧”一事。回到重庆后，戴笠即向蒋介石[JiangJieShi]告发了这一惊天大案。

　　对于“清君侧”的“政变”活动，蒋介石[JiangJieShi]当然要镇压，但应该不会把陈诚牵扯进去让戴笠过分得势。他对胡、汤、戴集团与陈诚集团的争斗心知肚明，不会轻易让哪一方占据上风。从这点上说，“清君侧”案的破获与陈诚辞去远征[YuanZheng]军司令[SiLing]一职，只是时间上的巧合，二者之间没有因果关系。

　　三、美国人对陈诚的厚爱？

　　陈诚失去远征[YuanZheng]军司令[SiLing]，如果以上两种原因都不能成立，那么最大的可能就是成了蒋介石[JiangJieShi]和史迪威矛盾的牺牲品——正是陈诚跟美国人的亲密合作，导致了蒋介石[JiangJieShi]让其交出了远征[YuanZheng]军指挥权。

　　陈诚跟美国人关系比较接近是一个不争的事实，但这种接近起初完全是跟美国的军事战略合作的需要，也是蒋介石[JiangJieShi]所安排的。1943年1月份，奉蒋介石[JiangJieShi]之命，陈诚与盟军中国战区参谋长、美国驻华军事代表史迪威就重新编练30个师中国军队的问题进行讨论。第一次入缅作战失败后，蒋介石[JiangJieShi]的威信受到极大的挫伤，迫切需要美国的军事援助，重新编练一支精锐之师。

　　陈诚跟史迪威的合作是在纯军事的领域展开。二人在重庆会谈后决定，首先调集3000至9000名中国军人在昆明训练基地分批训练，然后再空运到印度兰伽训练营去，进一步熟悉新武器的性能和使用方法。陈诚主张，将特种兵科的干部更多地运往印度去加强技术训练；而对高级干部则以精神训练为主。陈诚还提醒史迪威注意，把中国军队原来的1个军辖3个师的编制改编成为辖2个师，还要根据滇西的地形加以研究；在个别作战时，还应考虑到中国军队在营以下没有通讯队伍的实际情况。