在李鸿章高级幕僚、法学家伍廷芳的策划下，驻日公使徐承祖依照国际法就事件同日本[RiBen]政府交涉，双方各花重金聘请欧美律师进行辩护，但日方强词夺理拒不认错，并拖延再三，希望不了了之。忍无可忍的徐承祖11月24日致电李鸿章，要求断交撤使。此时中法战争刚刚结束不久，清廷自然不愿再度卷入战争的漩涡，故而断绝邦交方案未能实施。李鸿章决定“停审”，照会日本[RiBen]政府——此前审理全部作废，所有该案卷宗抄送北京，做出一种中国准备单方面处理此事的强硬姿态。

　　李鸿章的这一招起到了敲山震虎的效应，日本[RiBen]外相井上馨多次要求和徐承祖续谈，均遭拒绝。1887年1月28日，日本[RiBen]政府突然宣布接受德国驻日公使何理本的“伤多恤重”的原则，了结“长崎事件”。2月，双方签订协议，就各自的死伤者互给抚恤，日本[RiBen]赔付中国52500元，中国赔付日本[RiBen]15500元，长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。

　　在日本[RiBen]人看来，外国水兵喝醉了酒来本国滋事，最后竟然要本国赔款，这种愤恨和受辱感，自然很容易便被煽动了起来。“中国威胁论”成为日本[RiBen]主流民意，“大力发展海军[HaiJun]”成为日本[RiBen]国内的共识，“一定要打败‘定远’”也成为了日本[RiBen]海军[HaiJun]的目标和口号。就连日本[RiBen]的小孩当时最流行的游戏，也是分成两组，一组扮成中国舰队[JianDui]，另一组扮成日本[RiBen]舰队[JianDui]，捕捉“定远”、“镇远”。

　　长崎事件结束后一个月，天皇下令从内库拨款30万元作为海防补助费，揭开了“海防献金运动”的序幕。经过新闻报刊媒介的大肆渲染，日本[RiBen]国内很快就掀起了一个捐出“海防献金”的高潮。至9月底捐款数就达到103.8万元，这些资金全被用作扩充海军[HaiJun]军备。1888年和1890年日本[RiBen]又提出第七次和第八次海军[HaiJun]扩张案，这两次扩张案共购买或建造了4艘军舰。其中“吉野”号购自英国，时速23节，是当时世界上航速最快的巡洋舰。

　　第二次访日，清军军纪大有改观

　　1891年5月到6月间，北洋[BeiYang]海军[HaiJun]进行了成军后第一次校阅，其场面极为宏大，艨艟云集，舳舻相接，声势显赫，颇令李鸿章陶醉。校阅刚刚结束，日本[RiBen]政府即邀请北洋[BeiYang]海军[HaiJun]访日，本来，以近海防御为战略目标的中国海军[HaiJun]不需要铁甲舰，李鸿章就是为了震慑日本[RiBen]才力主购买“定远”、“镇远”二舰，这一邀请如同“瞌睡遇上了枕头”，正中李鸿章借以显示海军[HaiJun]实力的下怀。

　　6月26日，丁汝昌率北洋[BeiYang]舰队[JianDui]的精华——“定远”、“镇远”、“致远”、“靖远”、“经远”、“来远”6舰编队从威海卫出发起程正式访问日本[RiBen]。舰队[JianDui]在出发前，李鸿章鉴于上次“长崎事件”，命丁汝昌严加管束。6月28日北洋[BeiYang]舰队[JianDui]到达日本[RiBen]马关，7月1日抵达神户加煤添水，7月5日下午3时抵达横滨港，“定远”舰鸣21响礼炮向日本[RiBen]海军[HaiJun]致礼，日本[RiBen]海军[HaiJun]方面负责接待的“高千穗”舰也鸣21响礼炮作答，当时停泊于港中的英、美军舰皆鸣13响礼炮向北洋[BeiYang]舰队[JianDui]致敬，一时间礼炮轰鸣，此起彼伏。

　　有一种说法，说日本[RiBen]军官曾看见北洋[BeiYang]舰队[JianDui]士兵在炮管上晾晒衣服，经过近几年的研究，此事纯属杜撰。从当时日本[RiBen]媒体的报道看，对北洋[BeiYang]舰队[JianDui]的评价还是肯定的，7月8日《东京朝日新闻》以《清国水兵现象》为题报道了观看北洋[BeiYang]舰队[JianDui]的感受：“以前来的时候，甲板上放着关羽的像，乱七八糟的供香，其味难闻之极。甲板上散乱着吃剩的食物，水兵语言不整，不绝于耳。而今，不整齐的现象已荡然全无；关羽的像已撤去，烧香的味道也无影无踪，军纪大为改观。水兵的体格也一望而知其强壮武勇。惟有服装仍保留着支那的风格，稍稍有点异样之感。军官依然穿着绸缎的支那服装，只是袖口像洋人一样饰有金色条纹。裤子不见裤缝，裤裆处露出缝线，看上去不见精神。尤其水兵的服装，穿着浅蓝色的斜纹布装，几乎无异于普通的支那人。只是在草帽和上衣上缝有舰名，才看出他是一个水兵。”

　　日本[RiBen]方面对清政府北洋[BeiYang]舰队[JianDui]的到来竭尽礼仪之能事，所到之处或礼炮致礼，或夹道迎接，希图以此表达对华的“亲善”之意。7月9日日本[RiBen]方面还特地安排天皇在东京接见了丁汝昌和北洋[BeiYang]各舰管带，礼仪非常隆重。日本[RiBen]外相和海军[HaiJun]大臣都举行了欢迎宴会招待中国海军[HaiJun]将领。