平心而论，陈独秀从心里不赞成农民运动。他是大教授，虽然从事的是唤起民众的革命，但广大农民真正起来了，他又怕得要命，属于毛泽东所说的“叶公好龙”之类。陈对农民的定义是：“农民占中国人口之大多数，自然是国民革命之伟大势力，中国之国民革命若不得农民之加入，终不能成功一个大的民众革命。但是 , 农民居住散漫，势力不易集中；文化低下，生活欲望简单，易于趋向保守；中国土地广大易于迁徙，畏难苟安 , 这三种环境是造成农民难以加入革命运动的原因 。”

　　所以，陈独秀一方面尽量迁就汪政权，一方面下令纠正农民运动中的“过火”行为。而领导农民运动的毛泽东和蔡和森、瞿秋白等人，不同意陈独秀、鲍罗廷一味退让的立场，中共中央内部出现了严重的分歧。作为代理中央秘书长的蔡和森感觉很难办。他说：“五次大会后，好几位重要首领牢骚满腹，善使性气，秘书厅工作是最难做的。”（蔡和森《党的机会主义史》）陈独秀不能容忍蔡和森这个处处与他对立的秘书长，6月底改由邓中夏接任，蔡和森只好到毛泽东家养病去了。

　　毛泽东预感到风云将要突变，一场劫难很快就要来临，但自己的主张又不为鲍罗廷、陈独秀等决策者接受。他独自徘徊在武昌蛇山的黄鹤楼前。面对滔滔长江，填词表达他内心的忧虑：“茫茫九派流中国，沉沉一线穿南北。烟雨莽苍苍，龟蛇锁大江。黄鹤知何去？剩有游人处。把酒酹滔滔，心潮逐浪高。”

　　后来，毛泽东解释写这首《菩萨蛮·黄鹤楼》时的心情：“1927年，大革命失败的前夕，心情苍凉，一时不知如何是好。这是那年的春季。”（毛泽东 1958 年在文物出版社刻印的《毛主席诗词十九首》书眉上的批注）

　　陈独秀也明白，汪精卫的立场逐渐右转，与共产党分手是迟早的事情。在这个时刻，敢不敢同国民党决裂，自主地领导中国革命，是中共中央面临的一大抉择。陈独秀后来回忆：“蒋介石、李济深相继屠杀工农后，国民党日益看轻了无产阶级的力量，汪精卫及国民党全体中央委员的反动态度与政策日益发展。我在本党的政治局会议上报告两党联席会议时说：‘我们和国民党的合作日益入于危险，他们和我们所争的，表面上好像是……各个小问题，实际上他们所要的是整个的领导权，现在只有两条路摆在我们的面前：放弃领导权，或是和他们决裂。’会议上以沉默的态度答复了我的报告。马日事变后，我两次在政治局会议上提议退出国民党；最后一次，我说：‘武汉国民党已跟着蒋介石走，我们若不改变政策，也同样是走上蒋介石的道路了。’当时只有任弼时说一声：‘是的呀！’和周恩来说‘退出国民党后工农运动是方便得多，可是军事运动大受损失了。’其余的人仍是以沉默的态度答复了我的提议。同时我和秋白谈论此事，秋白说：‘宁可让国民党开除我们，不可由自己退出。’我又和鲍罗廷商量，他说：‘你这个意见我很赞成，但是我知道莫斯科必不容许。’那时我又以尊重国际纪律和中央多数意见，而未能坚持下去。我自始至终都未能积极的坚持我的提议，一直到此时实在隐忍不下去，才消极地向中央提出辞职书，其主要的理由是说：‘国际一面要我们执行自己的政策，一面又不许我们退出国民党，实在没有出路，我实在不能继续工作。’”

　　陈独秀的这些心声是日后回忆时的感叹，当时的表现还是尽量维护与武汉国民政府的关系，并压制党内与国民党决裂的呼声。