同时，中美合[ZhongMeiHe]作所还建立起了若干为美国[MeiGuo]海、空军提供气象情报的气象工作站、观测哨等，这些气象情报在美军对太平洋上日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中，都起了重要作用。战后美国[MeiGuo]海军部的一份报告甚至有这样的评价：中国[ZhongGuo]方面通过中美合[ZhongMeiHe]作所向美国[MeiGuo]提供的日本占领区军事及气象情报，“成为美国[MeiGuo]太平洋舰队和在中国[ZhongGuo]沿海的美潜艇攻击敌海军的惟一情报来源”。

　　除去军事行动外，中美合[ZhongMeiHe]作所还进行了一些对日心理战、经济战方面的工作。如收听日伪电台广播并用秘密广播进行干扰和反宣传，展开宣传攻势瓦解日军士气，在日伪军中制造恐慌情绪，鼓舞敌后抗日军民斗志；印制汪伪储蓄券假钞偷运到沦陷区，扰乱日伪金融，并大量收购日货与沦陷区物资运回大后方……

　　抗日战争胜利后，按照当初中美合[ZhongMeiHe]作所成立时《协定》的规定，美方人员[RenYuan]分批回国。1946年1月，中美合[ZhongMeiHe]作所正式宣告结束，经军统局报蒋介石备案。中美合[ZhongMeiHe]作所中的军统局人员[RenYuan]回军统局报到，非军统局人员[RenYuan]（这是许多人不了解的，以为凡中美合[ZhongMeiHe]作所的中方人员[RenYuan]就都是军统特务，其实并非如此）则发给三个月薪金资遣。各地训练班、情报站均予结束（重庆[ZhongQing]特警班第二期学员因未毕业，移交军统局接办）。重庆[ZhongQing]中美合[ZhongMeiHe]作所四一医院移交中央医院接收，上海中美医院移交同济大学接收……到1946年七八月间，全部结束手续办理完毕。

　　在歌剧《江姐》的最后一场（场景说明：重庆[ZhongQing]“中美合[ZhongMeiHe]作所”渣滓洞集中营[JiZhongYing]女牢），江姐在就义前，得知敌人就要逃跑时，嘲笑沈养斋说：“怎么？你害怕了？你们‘中美合[ZhongMeiHe]作所’这块招牌就要摘掉了！”编导和演员都不知道，其实“中美合[ZhongMeiHe]作所”的招牌早在这个剧情发生的四年前就已摘掉了。

　　恶名影响深远史实早被澄清

　　不过，因为中美合[ZhongMeiHe]作所的中方负责人是在国民党内外名声都不大好的军统局负责人、特务头子戴笠，美方副主任梅乐斯又不顾美国[MeiGuo]当局禁令竭力介入中国[ZhongGuo]国共两党冲突的内政，再加上该所训练的作战人员[RenYuan]、警察和特工，获得的美式武器与设备器材，后来都被国民党当局用到了****内战中，因此，该所便有了一个“扶蒋****”的恶名。当年曾以美国[MeiGuo]战略情报局雇员身份在重庆[ZhongQing]与梅乐斯共过事的美国[MeiGuo]著名汉学家费正清评论说：“中美合[ZhongMeiHe]作所确实曾经部署过骚扰日军后方的行动，并为美国[MeiGuo]海军的登陆做了准备。但中美合[ZhongMeiHe]作所的弊端在于，当1945年国共内战爆发时，它把美援全部用在了国民党一边。这就在客观上意味着美国[MeiGuo]‘过早地’正式加入了反对中共的活动。这为中国[ZhongGuo]共产党所深恶痛绝，并完全有正当理由把它看作是美国[MeiGuo]帝国主义的不义行为。”（《费正清对华回忆录》，知识出版社1991年5月版第256页）

　　由于这样一些历史的原因，在中美合[ZhongMeiHe]作所撤销之后，在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，便被算到了它的账上。特别是在1949年国民党政权在大陆崩溃时发生的对被关押政治犯的集体大屠杀，更被宣传为“中美合[ZhongMeiHe]作所大屠杀”，使“中美合[ZhongMeiHe]作所”声名狼藉，成为后来反美、反蒋（国民党）宣传中的一个重要靶子。许多人不再清楚它当初究竟是个什么机构，而只以为它是一个血腥恐怖的集中营[JiZhongYing]了。再加上小说《红岩》及电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》等文艺作品的一系列渲染，“中美合[ZhongMeiHe]作所”作为反面形象的知名度，竟大大超过了同样在重庆[ZhongQing]而有着更重大历史意义的革命纪念地红岩村。

　　甚至一些美国[MeiGuo]人也对中美合[ZhongMeiHe]作所持怀疑甚至厌恶的态度。美国[MeiGuo]学者迈克尔·沙勒在《美国[MeiGuo]十字在中国[ZhongGuo]》一书中就专门写了一章《中美合[ZhongMeiHe]作所！反革命势力蠢蠢而动》，中译本于1982年7月由商务印书馆出版前，这一章曾在《参考消息》上连载，颇有影响（有人在回答对中美合[ZhongMeiHe]作所历史真相的质询时，就拿此书当作证据）。其实，书中虽写到梅乐斯利用中美合[ZhongMeiHe]作所从事“扶蒋反共”活动，但仔细阅读就会清楚，那大多是梅乐斯的个人行为而并不代表美国[MeiGuo]政府当时的对华政策，同时，书中明确写了，梅乐斯的这种行为一直受到美军驻华战区司令官（先是史迪威，后是魏德迈）和美国[MeiGuo]战略情报局、美国[MeiGuo]驻华大使馆及罗斯福总统的代表等多方面的强烈反对和竭力阻止。

　　本来，在中国[ZhongGuo]社科院1988年第3期《美国[MeiGuo]研究》杂志上，就已发表了当时在重庆[ZhongQing]歌乐山革命纪念馆编研室工作的邓又平先生（现在重庆[ZhongQing]市博物馆）所写的《简析“中美合[ZhongMeiHe]作所集中营[JiZhongYing]”》一文，澄清了许多史实，列举了有力的证据，否定了以往给中美合[ZhongMeiHe]作所加上的“逮捕、关押、屠杀共产党人和革命志士的集中营[JiZhongYing]”等罪名。但因该杂志发行面窄，一般读者不易读到，再加上小说《红岩》还在不断再版发行，电影《烈火中永生》、歌剧《江姐》还在继续上映和演出，所以中美合[ZhongMeiHe]作所在许多人印象中还是“法西斯集中营[JiZhongYing]”。