蒋介石和蒋经国都明白，要整合台湾的情报系统，必须先搬掉这两块石头。为了能让蒋经国尽快上位，蒋介石首先亲自出手劝退了中统的陈立夫，其后授意蒋经国多次在公开场合宣称：“军统、中统两大特工组织合为一家，严加整肃，统一运筹。”

　　1950年，蒋介石在台湾自我加冕，恢复了中华民国总统职务。毛人凤也重新当上了保密局局长。他以为，虽然在南京和重庆的时候，他总要受制于人；如今到了台湾，总算应该苦尽甘来，让他可以舒舒服服地在情报系统的第一把交椅上终老了。只是计划总赶不上变化，就在他自鸣得意的时候，却没有意料到自己正要面对一个实力超强的对手——“太子”蒋经国。

　　败退台湾后，国民政府面临着几乎失控的社会秩序，强大而有效的特务机关对于他们稳定局面十分重要。1950年3月，蒋介石任命蒋经国为“国防部总政治部主任”，兼任特设的“总统府机要室资料组主任”。蒋经国的官衔虽不高，权力却超越三军将领。它既可以命令“台湾保安司令部”等相关部门执行具体命令，又可以通过对情报特务机关人事任免的备案，掌握全岛特务名单，说它是台湾情报机关的决策指挥机构也毫不夸张。

　　蒋经国上台之后，面临的就是台湾情报系统已经存在的两股势力：其一是台湾原先最大的情报单位——保安处，它是沿袭日占时期驻军司令部“特务机关”和抗战时期的“战区第二处”的编制而设立的；其二是以大陆过来的“中统”和“军统”系统为班底的保密局。这两股势力的头子分别为：彭孟缉和毛人凤。

　　蒋介石和蒋经国都明白，要整合台湾的情报系统，必须先搬掉这两块石头。为了能让蒋经国尽快上位，蒋介石首先亲自出手劝退了中统的陈立夫，其后授意蒋经国多次在公开场合宣称：“军统、中统两大特工组织合为一家，严加整肃，统一运筹。”

　　看到蒋经国亲自出马，彭孟缉不敢托大了。一方面，彭孟缉只是一个“台湾省保安中将司令”，当时台湾岛“将星如云”，上将、中将一抓一大把，所以毫不起眼；另一方面，彭孟缉一直供职于军队，在情报系统没有什么家底，当初，蒋介石也是希望对毛人凤有所制约才将他安插进情报系统的。现在有个更大的官压阵，他当然就要把位子让出来。所以，彭孟缉是完全按“太子”眼色行事，不敢有半点出轨。

　　但是毛人凤却沉不住气了。谁愿意在春夏辛苦耕耘后，到秋天任他人摘取自己的劳动果实？也许是到了一定年纪，自诩也算是“功臣”了，毛人凤一反常态，自恃有蒋介石做靠山，居然在国民党的中常委会上声称：“情报工作是很专业的东西，不能让外行来领导内行。戴老板生前就说过，军统是10万人的大家庭。要管理好可不容易啊！”这些话当然传到了蒋经国的耳中。

　　但是蒋经国并不急于反攻。此时他信心满满，正在编织自己的大好前程。在他看来，毛人凤再闹腾，也只是一只秋后的蚂蚱，得意不了几天。有老爸蒋介石撑腰，将来保密局总归是自己的囊中之物。可是很快他就发现，毛人凤对他不仅只是口头的不满，更是处心积虑地在挖陷阱，想要让他身败名裂。

　　毛人凤暗中收集了蒋经国的亲信毛邦初在美国受贿贪污的消息，报到蒋介石的案头上。蒋介石虽然没有如毛人凤所期待的那样真的查办，但还是把蒋经国给结结实实地教训了一通，弄得蒋经国好长一段时间抬不起头来。

　　这件事激起了蒋经国的斗志，他决心要给毛人凤点厉害看看。这时，毛人凤的宿敌，国民党情报老手郑介民向蒋经国献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。

　　这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，非同小可，蒋经国不敢擅自拍板，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。