藏传佛教，俗称喇嘛教，其中宗喀巴创立的格鲁派亦称黄教，在蒙藏地区有着广泛的影响。有清一代，满族贵族为了加强和巩固对蒙藏地区的统治，采取利用黄教的政策，尊崇其领袖人物达赖喇嘛、班禅额尔德尼、哲布尊丹巴、章嘉四大活佛，使他们分掌西藏、蒙古等地区黄教事务。这是清代政治、宗教生活中的重要特征。

一、达赖喇嘛

　　清代的达赖喇嘛，从五世到十三世，共有九位，即五世罗桑嘉措（1617-1682），六世仓央嘉措（1683-1706），七世格桑嘉措（1708-1757），八世强白嘉措（1758-1804），九世隆朵嘉措（1805-1815），十世楚臣嘉措（1816-1837），十一世克珠嘉措（1838-1855），十二世成烈嘉措（1856-1875），十三世土登嘉措（1876-1930）。

　　清政权还在关外时，因外藩蒙古惟喇嘛之言是听，皇太极为了解决漠北蒙古归附问题，便派使者到西藏，往召五世达赖喇嘛。清朝定都北京后，顺治帝为了稳定蒙古地区的形势，又多次派人往召五世达赖喇嘛。顺治九年十二月十六日（1653.1.15），五世达赖喇嘛到达北京，顺治帝在南苑亲自迎接。顺治十年四月，五世达赖喇嘛离京返藏，途经代噶（今内蒙古自治区凉城县）时，清政府派礼部和理藩院官员前往赍送金册金印，册印上用汉、满、蒙、藏四种文字刻写着清政府对五世达赖喇嘛的封号：“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。此后，历辈达赖喇嘛转世，都要经过清政府册封，并延续上述封号。

　　康熙年间，一度出现了“真假达赖喇嘛”之争，产生了三位六世达赖喇嘛，这和当时西藏动荡的局势有关。原来，康熙二十一年（1682）五世达赖喇嘛圆寂后，他生前委任的第巴桑结嘉措秘不发丧，并私立仓央嘉措为六世达赖喇嘛。统治西藏的和硕特蒙古贵族首领拉藏汗不予承认。康熙帝后来也称仓央嘉措为“假达赖喇嘛”。康熙四十五年（1706），仓央嘉措在解京途中，病死于青海。拉藏汗袭杀第巴桑结嘉措后，在康熙四十六年立意希嘉措为六世达赖喇嘛，得到了康熙帝的认可，却遭到黄教上层僧侣和青海蒙古首领的反对。康熙四十九年，他们以格桑嘉措为仓央嘉措的转世灵童。此后，康熙帝册封噶桑嘉措为“弘法觉众”第六世达赖喇嘛，而意希嘉措则被送往内地。噶桑嘉措圆寂后，乾隆四十六年（1781），乾隆帝封他的后世强白嘉措为第八世达赖喇嘛。这就意味着，清政府承认了仓央嘉措为第六世达赖喇嘛，噶桑嘉措是第七世达赖喇嘛。

　　十三世达赖喇嘛曾经受到清政府的册封和贬黜。光绪五年三月二十一日（1879.4.12），清政府准许十三世达赖喇嘛用前辈金印，延续“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”封号。光绪三十年七月十一日（1904.8.21）暂行革去名号，后又恢复。光绪三十四年十月初十日（1908.11.3），清政府加封十三世达赖喇嘛为“诚顺赞化西天大善自在佛”。宣统二年正月十六日（1910.2.25）诏夺名号，黜为齐民。十三世达赖喇嘛的受封和遭贬，反映了帝国主义势力侵入西藏后，西藏地方和清朝中央政府的复杂关系，以及清政府对西藏的政策。