1966年3月14日，蒋经国陪同蒋介石参观美国勇往号航空母舰

　　“叫党外人士按党的规矩办”

　　1969年6月，蒋经国终于承担起全面管理政府的正式领导角色。蒋介石提名他为“行政院副院长”。

　　面对风云变幻的国际形势，国民党内许多强硬派人士认为，在台北政府越来越孤立之下，国民党更得加紧掌控，不能对要求民权的声音稍有让步。但在蒋经国为首的改革派来看，世局发展多艰，台湾内部情况变化，更需要渐进，有控制地扩大政治参与，不但可以巩固岛内的统治，还能以一种民主自由的形象，重新塑造在台湾的“势”，唯有如此，才能扭转乾坤。这一年，蒋经国任命李焕出任国民党省党部主任委员推动改革。国民党内改革派的长期目标是使国民党成为全民的、民主的政治组织，这一改革进程涉及吸纳更多台湾人进入国民党领导阶层，同时审慎、小心地培养与控制温和的在野势力之成长。

　　在这种理念的指导下，1969年，全岛举办了一次干净的县、市级选举，省议会71席议员，国民党赢得61席；15个县长席次，国民党候选人当选了14席。党外人士赢得了高雄、台中和新竹的市长。反对派掌控了台湾4大都市中的3个。

　　虽然在私底下这些新当选的党外市长痛批国民党掌控一切的制度，可是一就职他们就专注行政管理与建设开发，以及培养自身势力。此时，不论他们多么仇恨国民党，还是按照国民党的游戏规则办事。

　　这年12月，台湾举行3年前就答应的“立法院”增额选举。蒋经国允许各候选人史无前例地抨击政府，党外候选人“郭大炮”郭国基和黄信介甚至要求直接民选台湾省长，结束戒严统治。郭国基和黄信介都当选“立法委员”，这表明“立法院”里首次出现两位真正的反对党人士。

　　国民党首次公开预算

　　1971年1月，《大学杂志》发表了刘福增、张绍文、陈鼓应联名发表的《给蒋经国先生的信》，呼吁“政治革新”。为了警告青年知识分子不要有太高的政治期望，蒋经国3月间下令逮捕了著名的外省籍异议分子李敖。异议人士并没有因此就退缩，10月，《大学杂志》再发表《国是铮言》，提出了“政治改革”的主张。文章尖锐批评道：“20几年来，我们始终在维持着一个庞大、衰老而且与广泛大众完全脱节却以民意为名的特权集团”，这几乎触及到了国民党统治的底线。蒋经国并没有弹压取缔，反而邀请《大学杂志》主要成员参加座谈会。他在会中听取这群知识分子的意见，宣称，“青年应该多讲话，多关心国是”。

　　蒋经国经过37年的历练之后，决定正式出面管事，蒋介石当然支持。1972年5月26日，立法院通过蒋经国出任“行政院长”。

　　他主持第一次“院会”时就强调重视协调、廉洁的形象，发表公务员“十诫”，各级官员不得到酒家食堂、黑色咖啡馆、歌厅，也不得有铺张浪费的婚丧典礼，或其他几项不当娱乐。警察开始到上述场所检查，查对客人的身份证；几个公务员因为办了奢华铺张的婚礼，遭到免职处分。蒋经国尤其严惩受贿、渎职的公务员。检察官侦办了“行政院人事行政局”局长王正谊收受营造厂大额贿款的弊案。王是蒋经国的表弟，曾是蒋介石的机要秘书。蒋经国亲自批准逮捕王正谊并判处徒刑。

　　蒋经国主持“行政院”院会，要言不烦，通常40分钟就可以散会。“他讨厌形式，也不喜欢啰啰嗦嗦。”他搬弄手指头或者合掌抚脸，表示不耐烦。通常要让拖得太久的报告中止，他就抚下颚。

　　蒋经国昭示内阁阁员，中国人几千年来都受到做官的傲慢对待，简化官僚作风唯一的方法就是一切公开化。他决定除了国防经费、外交经费之外，政府预算一律公开。国民党政府史上第一次，甚至可以说是中国历史上破天荒第一次，人民可以看到至少一部分税款花在什么项目上。