1937年7月7日在卢沟桥事变爆发前，时任民生实业公司总经理、四川省建设厅长的卢作孚，正协助政府完成川康整军，并代表四川省政府主席刘湘，将川康整军会议的圆满成果及建设新四川意见，呈报给蒋介石，甚得蒋介石的赞赏，请求刘湘，允将卢作孚调至中央服务，并先派卢作孚参加政府组成的赴欧洲考察团，以开拓其视野。适逢卢母逝世及中日战争爆发，卢作孚遂中止赴欧考察行程，认为国家对外战争开始了，民生公司的任务也就开始了，遂带领民生实业公司积极投入抗战行列。

　　1937年8月4日北平失陷，日军由平汉、津浦两铁路线南侵，国民政府为进行全盘对日抗战考虑，决定于8月13日在上海发动会战，以期争取时间，将京沪杭地区最富有经济价值的人力、物力，沿长江内撤大后方，和日本进行长期持久战。由于上海战事即将爆发，8月11日军政部、海军部联合召开紧急会议，研究上海南京间布防问题，决定于12日晨7时，集中所有预备船只，开往江阴，沉船阻塞长江航道，以防日舰长驱直入，争取政府与人民物资沿长江后撤的时间。同日，交通部密令各航政局及轮船公司，速将航行沿海及长江下游国轮驶入长江或停泊香港等安全地带，以免资敌。卢作孚配合抗日国策，令民生公司航行上海轮船，不等卸货，即刻原船返航重庆。

　　1937年8月12日，海军部长陈绍宽亲率舰队开始于江阴城下游长山港鹅鼻嘴下端长江江面最窄处下令沉船阻塞长江航道，构筑第一道长江封锁线。淞沪会战爆发后，中国政府陆续调集75万军队与日军激战。面对全面抗日战争的情势，国民政府于8月11日特命蒋介石为“陆海空军大元帅，组织陆海空军大本营，指挥全面抗日战争”。卢作孚一面奉派出任大本营第二部副部长，担任拟订抗战总动员计划；另一方面赶回四川，促川军出川参加抗战，9月1日川军14师和两个独立旅分东、西两路开赴京沪及平汉路作战，其中东路4个师及两个独立旅由卢作孚集中民生实业公司所有轮船于两星期内迅速由重庆、万县赶运至宜昌，参加南京保卫战。10月18日再赶运川军出宜昌转汉口赴南京及平汉路抗敌。一方面，卢作孚已感受到中国长期抗战的决心，即刻号召民生实业公司首先起来参加抗战，卢作孚认为国家对外战争开始了，民生实业公司的任务也就开始了。于是民生实业公司在卢作孚率领下，动员全体职工救国捐款，进而调派全部船只，不畏日机轰炸，英勇地投入抗战运输。

　　面对淞沪会战爆发及长江江阴航道的封锁，从航运的观点而言，卢作孚了解到政府势需内撤京沪地区的政府机构、学校、工厂器材和人民至大后方，建立抗战基地，才得以维持长期持久抗战的国力。此时卢作孚为应对即将来临的京沪地区政府人民物资沿长江航道的大撤退，集中民生实业公司长江中下游船只于镇江、南京、芜湖等地，紧急部署。

　　首先，民生公司集中镇江船只主要接运由上海、苏州、无锡、常州后撤的民间工厂机械、货品。在8月中旬，卢作孚即多次与负责上海地区工厂内迁的上海工厂迁移监督委员会主任委员林继庸(8月11日接任)，商洽内迁工厂入川设厂事宜。而且随时派人去调查接洽，有货可装，即派船去接运。9月1日卢作孚设民生实业公司镇江临时办事处统一指挥。卢作孚开设镇江临时办事处的目的，在于长江江阴封锁后，长江下行轮船止于镇江，且镇江已成为上海地区人民物资利用长江水道后撤的运输枢纽，因而镇江临时办事处即成民生实业公司与南京国民政府、上海地区后撤工厂商办配货、装载、转运的办事机构。9月2日民生实业公司民泰轮首航镇江。当时上海地区民间工厂的后撤系先以木船循苏州河运苏州后，雇用小火轮拖原船走江南运河至镇江，再换江轮走长江直驶汉口或重庆。卢作孚先后派民生实业公司的民泰、民宪、民族、民勤等轮参与上海及附近地区工厂内迁。上海地区工厂自8月22日起，第一批顺昌机械厂等4家工厂，雇用21只木船自上海开始迁移，至12月初镇江撤退止(12月8日日军天谷支队侵占镇江)，共迁出民间工厂146家，成百万吨机械器材，技术工人2500余人。其中镇江临时办事处自9月1日设立，至11月20日因日军向镇江进逼而撤离的2个月又20天时间，办理运送政府公物及民间工厂器材到汉口或重庆，共5，149吨，包括9月份运1，692吨，10月份运2，063吨，11月份运1，393吨。

　　其次，民生公司集中南京船只主要撤退国民政府机关人员和公物，学校师生、仪器、图书等。为了顺利完成国民政府机关人员和公物撤退任务，民生实业公司特于1937年10月23日专门召开转运西上客人服务工作及宣传办法会议，研究转运国民政府官员600人及留宜昌旅客5，000人的服务宣传办法。会后通函公司航行各轮，在抗战非常时期，全体船员动员起来，努力实现公司宗旨，表现服务精神。1937年11月国民政府各机关人员器材、公文档案开始由南京后撤武汉，卢作孚亦派民生实业公司民政、民贵、民元、民风等轮船参加撤运。其中11月16日国民政府决定迁都重庆，当日国民政府主席林森率部由南京乘永绥军舰后撤，于11月21日抵宜昌，23日林森率文官、参军、主计处主管改乘民生实业公司民风轮入川，其余人员和物资亦分乘民生实业公司民政、民贵等轮随后跟进，于26日抵重庆。使得国民政府能于12月1日开始在重庆办公。在撤运时，民元轮上客舱均由几个政府部会分配应用，于房舱门上用粉笔写上使用部门名称，民元轮船工打趣说：民元轮成为国民政府啦！1937年10－11月间，民生实业公司利用其南京办事处所属澄平码头，从南京抢运到汉口的物资，共6，491吨，包括10月公物2，957吨，11月公物2，877吨，另搭商货657吨。

　　另外，民生公司还集中芜湖船只主要运送兵工署兵工器材。1937年9月间卢作孚在南京首先和金陵兵工厂商谈由民生实业公司，抢运金陵兵工厂枪弹厂2，000吨器材运四川事宜，10月18日双方签订合约，由芜湖装船运重庆，限2个月完成。运价全程每吨75.6元，分起运时、过汉口时、抵重庆时，三次平均付清；兵工厂员工、家属搭船半价优待。卢作孚调民生实业公司可容500吨之民本、民风、民元、民权等4轮至芜湖，于限期内提前完成任务，取得了兵工署的信任，为其后承运大批兵工器材后撤四川打下良好基础。（简笙簧）

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　　据资料显示，抗战爆发后，卢作孚首先号召民生实业公司员工为长期抗战捐款救国，而且规定不可如1931年东北“九一八”事变和1932年上海“一·二八”事变时公司职员每月捐一天薪金的前例。公司上层规定出最低限度，即每人依薪水多寡，一次捐月薪10%～30%。具体细节是：所得50元以下捐月薪10%；50元至100元捐月薪15%；100元至150元捐月薪20%；150元至200元捐月薪百分之25%；200元以上者捐月薪30%，以购救国公债，发挥国家兴亡，匹夫有责的本分。