原子弹变成人类自我毁灭的工具，对那些曾经参与或关注过原子弹研究和制造的科学家们产生了巨大的震撼，这些科学家大多都对此表示一种深深的忏悔和自责。

1945年8月6日，当爱因斯坦在纽约萨朗那克湖边从《纽约时报》的一位青年记者那里知道了日本广岛遭原子弹轰炸的消息时，感到极度震惊。作为推动美国开始原子弹研究的第一人，爱因斯坦不无遗憾地说：“我现在最大的感想就是后悔，后悔当初不该给罗斯福总统写那封信。……我当时是想把原子弹这一罪恶的杀人工具从疯子希特勒手里抢过来。想不到现在又将它送到另一个疯子手里。……我们为什么要将几万无辜的男女老幼，作为这个新炸弹的活靶子呢？”马栩泉：《核能开发与应用》，化学工业出版社，2005年1月第1版，第169页。是年11月，爱因斯坦在《大西洋月刊》发表文章，指出：“我认为原子能在可见的将来不会是一种福音，因此我必须说，它当前是一种威胁。”杨建邺：《科学的双人器：诺贝尔奖和蘑菇云》，商务印书馆，2008年1月第1版，第269页。12月10日，爱因斯坦在纽约诺贝尔大学的一次演讲中，如此说道：“作为科学家，我们必须不断警告人们这些武器的危险性，我们要努力使世界人民，特别是他们的政府意识到，除非他们改变相互间的态度，并认识到自己在形成一个安全的未来中所担负的责任；否则这些武器必然造成无法形容的灾难。”同上书，第269页。1948年7月，爱因斯坦在写给“国际知识界和平大会”的信中说道：“作为世界各国的知识分子和学者，身负着历史重任，我们今天走到了一起，……我们从痛苦的经验中懂得，光靠理性还不足以解决我们社会生活的问题。深入的研究和专心致志的科学工作常常给人类带来悲剧性的后果”，“科学家的悲剧性命运使我们帮忙制造出来了更可怕、威力更大的毁灭性武器，因此，防止这些武器被用于野蛮的目的是我们义不容辞的责任。”同上书，第269―270页。其后，爱因斯坦在其发表的《命运攸关的决定》中还继续呼吁：“现在该是号召每一个人(不论性别)对可能发生现代文明历史上最大的灾难进行思考的时候了。……原子战争除了给战争双方带来前所未有的伤亡和毁灭以外，什么也解决不了，用战争解决争端已不再可能。”同上书，第270页。直到爱因斯坦去世之前，爱因斯坦都利用一切机会呼吁美国不要把科学的发现变成杀人武器，并号召全世界科学家团结起来反对核战争。

素有“原子弹之父”之称的奥本海默也是最早对原子弹这一科学成就表示怀疑的人之一。1945年10月16日，奥本海默在接受美国陆军授予洛斯-阿拉莫斯感谢状答词时说：“如果原子弹被一个好战的世界用于扩充它的军备，或被准备发动战争的国家用于武装自己，则届时人类将要诅咒洛斯-阿拉莫斯的名字和广岛事件”，他借机呼吁“全世界人民必须团结，否则人类就将毁灭自己。”马栩泉：《核能开发与应用》，化学工业出版社，2005年1月第1版，第169页。