经再三的犹豫、尤其是官方答应派出指挥夏正作为人质之后，他决定接受胡宗宪的邀请，上岸谈判，此时已经是十一月。这位“徽王”率两名助手叶宗满、王汝贤离船上岸，受到胡宗宪的热烈欢迎，劲敌兼老乡觥筹交错、推杯换盏，俨然是“渡尽劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇”。

　　胡宗宪偕王直回省城杭州，“设供帐，备使令，命两司更相宴之。直每出入，乘金碧舆，居诸司首，无少逊避，自以为荣。”

　　但此时，胡宗宪的政敌、浙江[ZheJiang]巡按使王本固横插一杠。次年正月二十五日，在王本固的坚持下，王直被捕入狱，关押在按察司狱。

　　胡宗宪在政治上的起家，靠的是浙江[ZheJiang]督抚们与中央特派员之间的矛盾。如今，作为方面大员，他自己[ZiJi]也陷于这种权力斗争游戏，只能徒唤无奈。胡宗宪倒是真心想招安王直，以利用他的力量平定海疆。胡宗宪上疏请求皇帝赦免，但“其后议论汹汹，遂不敢坚请”。王本固甚至上书弹劾胡宗宪，而京城已经开始传言，说胡宗宪收了王直集团的高达数十万两白银的巨额贿赂。众口铄金之下，胡宗宪“大惧”，只好附和大多数人的意见。

　　王直虽然入狱，但其所部力量很大，在为王直报仇的名义下，他们开始四处出击。明帝国做了两手准备，一方面继续监禁王直，并不释放，另一方面则给予其特殊礼遇，形同软禁。

　　如此拖延了两年之久，中央才最后下决心处决王直，罪名却不是海盗，而是“叛国”，在以圣旨名义下达的判决书中，指责王直“背华勾夷，罪逆深重”——尽管王直并非听命于日本[RiBen]人，而是日本[RiBen]人听命于他。

　　令后人唏嘘的是，王直既不认为自己[ZiJi]就是“倭寇”，更不认为自己[ZiJi]是“叛逆”。他在狱中写了一份《自明疏》,认为自己[ZiJi]只不过是“觅利商海，卖货浙福，与人同利，为国捍边”，不仅“绝无勾引党贼侵扰事情”，而且，“陈悃报国，以靖边疆，以弭群凶”。除了详细开列自己[ZiJi]“为国捍边”的种种事迹之外，还提出应开放海禁，才是令“倭奴不得复为跋扈”的上策。