然而，争论仍在继续，余波未已。倭仁的举动虽然遭到朝廷的压制，却得到一些保守派人士的声援与支持。通政使于凌辰、成都将军崇实、候补内阁侍读学士钟佩贤、候选直隶州知州杨廷熙等人，先后上奏指责同文馆。尤其杨廷熙的奏折，洋洋数千言，认为开设天文算学馆，“其事其理其言其心，有不可解者十焉”。他从十个方面将倭仁等人的反对意见作了全面具体的阐述和发挥，甚至以为“同文馆”三字是宋代奸臣蔡京残害忠良的狱名，“非美名也”，他以“久旱不雨”、“灾异”非常的“天象之变”为由奏请撤销同文馆。清廷怀疑杨折是倭仁授意所为，因此借机指名道姓严厉地批评了倭仁并敦促倭仁尽快到总理衙门上任。倭仁只得继续托病请假，清廷顺势开去了倭仁除去大学士兼帝师以外的其余一切差使。倭仁虽然可以不任总理衙门行走，却也因此而失却了翰林院掌院学士和管理户部事务等职权。历时半年之久的同文馆之争到此结束。

　　同文馆之争是近代中国关于中西文化关系问题的第一次大论争。在此过程中，倭仁以“本末”论和“夷夏之辨”的观念为思想基础，否定西学的价值，从而认为向西方学习不但没有必要，而且还会有导致中国文化沦亡的危险，充分显露出倭仁固守中国传统文化的极端保守思想。

　　六、晚景：位愈高而忧愈深

　　经过同文馆之争的打击，倭仁失去了部分兼差，但他仍以大学士的身份在弘德殿行走，可以更专心地做同治[TongZhi]皇帝[HuangDi]的师傅。同治[TongZhi]八年（1869）三月初八日，十四岁的同治[TongZhi]皇帝[HuangDi]“开笔作论”，师傅们出题为《任贤图治》，皇帝[HuangDi]写道：“治天下之道，莫大于用人。然人不同，有君子焉，有小人焉，必辨别其贤否，而后能择贤而用之，则天下可治矣”。同治[TongZhi]所述，和咸丰[XianFeng]皇帝[HuangDi]即位之初倭仁所上《应诏陈言疏》完全一致。同年，醇郡王奕奏请皇上在太后召见群臣时“升座听政”，即见习临朝理政，得旨允准，倭仁禁不住“喜而赋诗”，其一云：

　　宸躬道积已成基，稽众还思允若兹。

　　巽命重申群策纳，乾纲丕振一人持。

　　每怀机密欣观政，况有懿亲更进词。

　　独愧老臣无寸补，龙章日月仰风期。

　　诗写得很蹩脚，其实算不上诗，不过它表达了倭仁对同治[TongZhi]皇帝[HuangDi]临朝“听政”的欣喜和期望。他多么希望能把同治[TongZhi]皇帝[HuangDi]培养成一代“中兴圣主”！

　　同治[TongZhi]十年（1871）三月，倭仁晋升为文华殿大学士，在他生命即将走到尽头的时候，他也登上了传统仕途的极峰。

　　倭仁的一生，历经嘉、道、咸、同四朝，这正是清王朝盛极而衰、日趋没落的时代。但是，就倭仁及其家庭而言，却在走着一条稳步上升的道路。他从开封驻防的中下层旗人社会中脱颖而出，撞进了京师[JingShi]显贵阶层，成为王朝没落中的“新贵”。作为现存制度与文化的既得利益者，在内忧外患危及王朝统治与中西文化激烈碰撞的历史过程中，倭仁自觉地成为传统社会文化秩序和政治秩序的维护者，这是毫不足怪的。

　　晚年的倭仁位愈高忧愈深。

　　咸、同之交，倭仁曾对第二次鸦片战争的结局忧心忡忡，他说：“今虽从和义，而华夏之大防已溃，中朝之元气愈亏，其将何以立国耶？”在同治[TongZhi]九年（1870）的天津教案中，清廷和总理衙门又以向列强屈服告终。作为京师[JingShi]士大夫“清议”的代表，倭仁认为：“今日重罪守令以谢洋人，将来此端一开，何以立国？”倭仁一再提出“何以立国”的问题，可见他对国家命运的深切忧虑。

　　同治[TongZhi]十年四月二十一日（1871年6月8日），倭仁因病去世。他在弥留之际的《遗疏》中，仍念念不忘要两宫皇太后“勿忘庚申之变”，要同治[TongZhi]皇帝[HuangDi]“毋以诵读为具文，毋以《诗》、《书》为迂阔”，表明倭仁一方面至死不忘国耻，另一方面他仍然将中国传统文化作为救国的惟一法宝。