当时，由于中央[ZhongYang]苏区处于战争环境，军事工作是第一位的。而博古对打仗的事尤其生疏，所以，当10月初李德到达中央[ZhongYang]苏区后，博古便将军事大权交给李德掌管。这样，博古、李德等人的军政联合领导体制很快就建立起来了。11月底，博古和李德亲自到前线视察后，李德借口革命[GeMing]军事委员会和前敌指挥部、总参谋部和前敌指挥部之间存在“一些含糊不清和容易引起误会的问题”，将中革军委和红军前敌指挥部合并，直接控制了军事的指挥权，由他自己坐镇指挥中心，直接指挥部队。李德的做法得到博古的支持。

　　当时，中央[ZhongYang]苏区在毛泽东[MaoZeDong]等人的领导下，经过长期斗争[DouZheng]，已经形成一整套建设苏区的正确方针，一整套建军原则和战略战术，锻炼出一大批既会建军打仗，又懂治国安民的领导骨干。在这种情况下，博古等人为了实现对苏区和红军的直接控制，便剥夺了毛泽东[MaoZeDong]对党和红军的领导权。1934年1月中华苏维埃共和国第二次全国代表大会召开前，周恩来就洛甫代替毛泽东[MaoZeDong]任中央[ZhongYang]政府人民委员会主席一事询问博古，指出“似无此必要”，博古表示“因毛泽东[MaoZeDong]不管日常事”，坚持不要毛泽东[MaoZeDong]担任这个职务，继续排斥毛泽东[MaoZeDong]。

　　1934年1月，在中央[ZhongYang]革命[GeMing]根据地召开了中共六届五中全会，博古在会上被选为中共中央[ZhongYang]总书记。会议把“左”倾冒险错误[CuoWu]发展到顶点，盲目断言，“中国[ZhongGuo]的革命[GeMing]危机已到了新的尖锐的阶段——直接革命[GeMing]的形势在中国[ZhongGuo]存在着”。4月上旬，蒋介石集中11个师的兵力分两路向广昌进逼。中共中央[ZhongYang]决定在前方组织野战司令部，调集红军主力9个师的兵力，全力保卫广昌。博古担任野战军司令部政委。他同李德一道，在广昌战役中，采取以集中对集中，以堡垒对堡垒的阵地战和“短促突击”战术，尽管予敌重创，红军亦受很大伤亡，广昌失守。于是，毛泽东[MaoZeDong]又提出红军主力应立即突围的建议，并认为：此时“虽已不利于出浙江，但还可以向另一方向改取战略进攻，即以主力向湖南前进，不是经湖南向贵州，而是向湖南中部前进，调动江西敌人至湖南而消灭之。”这一建议又遭到博古等人的拒绝。于是，“打破第五次‘围剿’的希望就最后断绝，剩下长征一条路了”。红军遭受惨重失败，博古痛心疾首，他常拿着小手枪，朝自己乱比画；遵义会议后，博古交出“大印”，体现出一个共产[GongChan]党人的应有品质

　　1934年10月中旬，8．6万红军开始长征。李德令一、三军团左右前锋，八、九军团两翼掩护，五军团后卫压阵，中间是军委总部和中央[ZhongYang]纵队，还有各种“坛坛罐罐”，仅挑子就有3000多副。这种“甬道式”搬家方式，负担笨重，行动迟缓，加之敌人处处围追堵截，部队只能沿途消极避战，勉强通过了敌人三道封锁线。12月，当红军突破敌人第四道封锁线——湘江时，损失惨重，过了湘江，仅剩3万余人。部队士气明显低落，普遍地滋长了怀疑和不满情绪。

　　红军遭受惨重失败，使博古痛心疾首。他感到自己责任重大，无法向党交代，可又一筹莫展。在行军路上，他常拿着一把小手枪，朝自己乱比画，心情极度苦闷。在痛苦的思索中，他开始对自己以前的做法、主张产生怀疑。

　　1935年1月，在毛泽东[MaoZeDong]等人的努力下，中共中央[ZhongYang]在遵义召开政治局扩大会议。会上，首先由博古作了第五次反“围剿”的总结报告。他看出了当时的形势，对军事错误[CuoWu]作了一定的检讨，但是也强调了许多客观原因，为临时中央[ZhongYang]和自己的错误[CuoWu]作了辩护和解释。博古的报告遭到了大家的反对，认为基本不正确，并展开了争论。最后博古承认自己军事路线的错误[CuoWu]是挫败的主要原因。

　　会议期间和会后，个别坚持“左”倾错误[CuoWu]的同志让博古顶住，让博古不要“交权”，所谓“交权”，就是把几副装有中央[ZhongYang]重要文件、记录、印章的挑子交出来。博古严正地拒绝了别人的挑拨性意见，表示应该服从集体的决定，交出了自己的指挥权，并且在遵义会议后，坚决地执行中央[ZhongYang]的决议。伍修权回忆遵义会议时说：“博古同志虽然是会上主要批判对象之一，但是，他的态度也是比较端正的。他主持会议，却不利用职权压制不同意见，表现了一定的民主作风和磊落态度。会后，他又坚持和执行中央[ZhongYang]的决定，并严正地拒绝了别人的挑拨性意见……这些都体现了一个共产[GongChan]党人的应有的品质。”

　　博古和毛泽东[MaoZeDong]站在了一边，对抨击张国焘分裂主义起到了积极作用；博古拍着桌子同国民党谈判，为第二次国共合作的形成出了一份力

　　1935年6月，一、四方面军在长征路上会师后，张国焘出于争夺军权、觊觎中央[ZhongYang]的目的，提出中央[ZhongYang]的政治路线是错误[CuoWu]的，是机会主义的路线。他认为遵义会议是调和主义，要求改换领导，要求博古退出书记处与政治局，周恩来退出军委工作。博古出于维护以前经过共产[GongChan]国际[GuoJi]批准的中共中央[ZhongYang]的政治路线，对于张国焘的这种观点是无论如何不能接受的，其他同志也都表示不赞同。在讨论一、四方面军会师后红军战略方向的多次会议上，博古都站在毛泽东[MaoZeDong]等一边，激烈地抨击张国焘的错误[CuoWu]主张。博古的这种态度对中共中央[ZhongYang]批评张国焘的分裂主义起到了积极作用。1935年11月3日，博古担任了中华苏维埃共和国中央[ZhongYang]政府西北办事处主席。1936年初，毛泽东[MaoZeDong]率领红军东征后，由博古主持中央[ZhongYang]政府的日常工作。这期间，他有机会接触了各方面的代表人物，对白区的抗日民主运动有了进一步的了解。1936年2月，宋庆龄受宋子文、孔祥熙之托，派董健吾、张子华前往陕北递送南京方面关于国共双方进行秘密接触的密函，博古在瓦窑堡会见了他们，接受了南京方面的密函，详细询问了南京和上海方面的情况，并很快将这一情况报告了在前方的毛泽东[MaoZeDong]等人。

　　1937年6月，博古与周恩来等一道，作为中共代表，参加了国共两党的庐山谈判。9月初，又抵南京，与国民党代表康泽就“共产[GongChan]党的合法地位”、“陕甘宁边区政府的组织”等实质问题进行谈判。在谈判过程中，在原则问题上，博古毫不退让，拍着桌子，同康泽激烈争辩。国共两党经过反复谈判，终于促使蒋介石同意在9月22日公开发表《中共中央[ZhongYang]为公布国共合作宣言》，23日又发表《蒋委员长谈话》，实际上承认了中国[ZhongGuo]共产[GongChan]党的合法地位。第二次国共合作遂告形成。