讨袁率先发难，“当仁不让”

1913年3月，袁世凯派人暗杀南京临时政府农林总长宋教仁，接着又向五国银行签订了二亿五千万元的“善后借款”，准备扑灭革命势力。5月5日，祖父李烈钧与湖南都督谭延闿、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚通电，公开指出袁世凯是刺杀宋教仁的罪犯。袁世凯恼羞成怒，下令免除祖父江西政府都督职务。江西省议会请祖父起义，祖父不同意，他说:“中央免除吾职，吾即起义，是反也，非义举也，袁世凯违法，重袭帝制，以民意伐之，吾赴听命。”6月中旬，由九江赴上海，临行，嘱省议员杨赓笙速回其故乡湖口县作发难准备。祖父至上海会见孙中山、黄兴等筹商反袁事宜。在孙中山主持的讨袁会议上，当孙中山征询何省首先发难时，有人说“今日之事非协和先生不可”，祖父当场回答“当仁不让”，遂被公推为讨袁军总司令。

7月7日，祖父由上海回至湖口，省议会一致推举祖父为江西讨袁军总司令，欧阳武为江西都督，宣布江西独立。7月12日在湖口成立讨袁军司令部，祖父就任讨袁军总司令兼正面军司令，江西混成旅旅长方声涛为右翼军司令，江西第一旅旅长林虎为左翼军司令。讨袁军发布讨袁檄文，通电全国，痛斥袁世凯:“乘时窃柄，帝制自为，意图破坏共和，为全国之公敌。”江西通电后，黄兴便在南京强迫程德全于15日响应。接着，湘、鄂、皖、闽和上海、重庆等省市，相继宣布独立。

7月20日，袁世凯下达讨伐令，以冯国璋、张勋两部进攻南京，派段芝贵为江西宣抚使，率李纯、马继增等部进攻江西，并令郑汝成、汤芗铭率领海军协助。讨袁之战，于是即在湖口、九江、芜湖、南京及长江下游一带发动起来。北洋第六师李纯率军企图进入江西，在瑞昌、德安间与讨袁军展开激战。祖父令林虎等据险阻击。虽然初战告捷，但因兵力悬殊，加上湘、粤援军未至，九江、姑塘、湖口等地相继被袁军攻陷。祖父退守南昌，不忍南昌城内百姓因战祸受损失，放弃凭城固守，特地将战场移于郊外樵舍、王家渡等处。此时，安徽、湖南等省相继取消独立，南京起义军在徐州战败，黄兴离开南京，程德全也宣告江苏取消独立。8月15日，讨袁军樵舍失守，继而转移至丰城，8月底，驻守临江，与袁军激战数日，毙敌数百。后因袁军大集，败局已成，祖父乃退离江西，由湖南都督谭延闿安排，远赴日本与孙中山、黄兴等会合，“二次革命”遂告失败。

反对帝制，“三炮定韶关”

1915年5月，袁世凯接受了日本“二十一条”要求，8月，杨度等发起筹安会，策动各省拥袁称帝。孙中山函电督促寓居新加坡的祖父回国，组织反袁斗争。祖父决心入滇反袁，10月，先派人送“西南保障”、“国家柱石”之刺绣给云南都督唐继尧，后又派方声涛进入云南联络革命志士。12月，祖父直接闯关入滇，并致电唐继尧说:“此来为国为兄，虽兄将余枪决，向袁逆报功，亦不敢计也。”唐继尧非常感动，当即派其弟继虞亲迎祖父至昆明。12月12日，袁世凯称帝。祖父命钟动起草《讨袁檄文》，派人秘密送往香港后在各报登载，以向各界公开自己的态度。蔡锷抵达昆明后，唐继尧宣布云南独立，祖父提议起义军定名为“护国军”。经协商，由祖父任第二军司令官，进军两广(蔡锷任第一军司令官，出兵四川；唐继尧任第三军司令官，镇守云南)。祖父以何国钧为参谋长，钟动为秘书长，方声涛、张开儒、朱培德、曹浩森、熊式辉、张治中等将领悉归调遣。祖父经蒙自向两广进发，主攻袁世凯死党、广东都督龙济光。1916年3月11日，祖父在广西百色击败龙军，活捉龙济光之弟龙觐光。随着龙军的败退，广西宣布“独立”，祖父随即率部抵达南宁，会晤广西都督陆荣廷后再向东进发。3月22日，袁世凯被迫宣布取消帝制，得到消息的龙济光也宣布广东“独立”，以图自固。当祖父率军抵达粤境时，龙济光却图谋突袭护国军。祖父由龙母庙出师，将部队集中于清远，命师长张开儒攻韶关帽子峰，韶关镇守使朱福全听到护国军的炮声后马上逃走，此役为祖父留下了“李烈钧三炮定韶关”的佳话。祖父率部连克源潭、江村后，命令左翼盛荣超攻白云山，右翼朱培德攻石井兵工厂，龙济光抵挡不住，率残部败走琼崖，广东全省被护国军占领。袁世凯因各省独立，知大势已去，忧惧成疾，于6月6日死去。