乾隆二十二年（1757）秋，清政府平息了阿睦尔撒纳叛乱，乾隆二十四年（1759）夏，又平息了大小和卓的叛乱，至此，终于完成了新疆的统一。乾隆二十七年（1762）十月，清政府以明瑞为总统伊犁等处将军（简称伊犁将军），管辖新疆广大地区。这是清政府为巩固新疆统一而采取的重要举措，对维持新疆的长治久安起了重要作用。

　　一、伊犁将军的设置

　　伊犁将军的设置与清政府在新疆实行驻兵屯田有关。由于从内地往新疆运粮有许多困难，所以，清政府在统一新疆过程中，始终关注驻兵屯田问题。从乾隆二十一年（1756）九月开始，清军在伊犁进行查勘屯田，随后在多个地区开始驻兵屯田，有关规制也随之逐渐建立。乾隆二十五年三月，在从乌鲁木齐至罗克伦之间的4处庄田中，规定每庄屯田兵800余名，委派游击都司各1员管理。九月，参赞大臣阿桂上奏伊犁驻兵屯田的规划，包括增派维吾尔人屯田、增派官兵驻防屯田、建城堡等内容。乾隆二十七年正月，清政府核定了新疆各地屯田兵的数目，规定乌鲁木齐5000名，哈喇沙尔700名，赛里木、拜各50名，库车、和阗、乌什、阿克苏、叶尔羌、喀什噶尔、英吉沙尔等地也都有数目不等的屯田兵。乾隆皇帝认为：新疆驻兵屯田，必须以满洲将军大员驻守，才能专任其事。

　　伊犁将军的设置还与清政府实行稳定新疆局势相应的措施有关，这些措施包括设官吏、置卡台、建城堡、颁刑律、铸货币、明制度等。设官吏就是新疆统一后，派官员管理新疆各地，他们或称参赞大臣，或称领队大臣。在维吾尔族居住地区还有各种等级的伯克，以维吾尔族的头人担任。置卡台就是设立卡伦、台站，或为防卫哨所，或为交通建置，备有驼马牛羊，由侍卫统领卡伦官兵。建城堡就是在物产丰富、形势险要的地方筑城驻兵。颁刑律就是严格立法，惩治凶顽，维持社会治安。铸货币就是开局设炉，改铸制钱，供当地使用。明制度就是制定户口管理制度和进京朝觐的年班制度。

　　伊犁将军的设置也与对归附的外藩属国的政策有关。清政府统一新疆后，邻近的霍罕、博罗尔、巴达克山等外藩属国相继归附，他们派使者前来北京，表示永为臣仆。清政府即通过设置伊犁将军来抚绥外藩属国。

　　二、伊犁将军的组织系统

　　伊犁将军是清政府设在新疆的最高军政长官，其组织系统是：在伊犁将军之下，设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣分别管辖伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔等地区。

　　首先是伊犁地区。伊犁将军驻伊犁惠远城，将军衙署内设营务、印房、粮饷、驼马、功过处等机构，以司员、帮办、章京、笔帖式任事，分别负责将军操阅、处理日常事件、钱粮支出、孳生牛马、与哈萨克贸易、功过登记等事。作为伊犁将军的属官，还有参赞大臣、领队大臣、卡伦侍卫等员与将军同驻伊犁。参赞大臣赞理伊犁地区军政事务。领队大臣分别管理惠宁城、锡伯营、索伦营、察哈尔营、厄鲁特营。卡伦侍卫带官兵驻守卡伦。

　　其次是乌鲁木齐地区。乌鲁木齐都统作为伊犁将军属官驻乌鲁木齐巩宁城，管理库尔喀喇乌苏、乌鲁木齐、巴里坤、古城以及哈密、吐鲁番等地满汉官兵。乌鲁木齐都统衙署内设印房、粮饷、驼马三处，以司官、笔帖式任事。都统下辖乌鲁木齐、巴里坤、古城、吐鲁番满营领队大臣，库尔喀喇乌苏办事领队大臣，哈密办事大臣。各领队大臣之下分设协领、佐领、防御、骁骑校统率所部兵丁。

　　再次是塔尔巴哈台地区。塔尔巴哈台参赞大臣作为伊犁将军的属官驻塔尔巴哈台，衙署内设印房、粮饷、驼马三处，分别以司员任事。参赞大臣之下辖协办领队大臣、专领游牧领队大臣等，专营巡察东西路卡伦。

　　最后是喀什噶尔地区。喀什噶尔参赞大臣作为伊犁将军的属官驻喀什噶尔，总辖喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、哈喇沙尔八大城事务，其下附设办事大臣1员，专理喀什噶尔及英吉沙尔事务。衙署内设印房、回务、经牧三处及粮饷局，分别以章京、笔帖式任事。参赞大臣之下，还在英吉沙尔设领队大臣1员，叶尔羌设办事大臣、协办大臣各1员，和阗设办事大臣2员，乌什、阿克苏、库车、哈喇沙尔设办事大臣各1员。大臣之下设章京、笔帖式、佐领、防御、骁骑校、副将、游击、都司等官统率所部官兵。

　　伊犁将军管辖区域内，在民政制度上，存在着札萨克制、伯克制、郡县制三种形式。蒙古各部等游牧民族地区实行札萨克制，札萨克即旗长，下设管旗章京等管理旗务。维吾尔族居住地区实行伯克制，设阿奇木伯克等管理具体事务。汉族百姓居住地区实行郡县制，设知府、知县等管理地方民事。这里应当说明的是，实行郡县制的地方虽然在伊犁将军管辖内，但是官员的任免不直接由伊犁将军管理，而是属于甘肃布政使司。